###################################################################### ...
IP属地：海南
-
dotPlotly 比较两个不同组装的效果可视化dotPlotly[https://github.com/tpoorten/dotPlotly]工具，是利用Ｒ语言写的可视化Minimap2/mummer比对输出的结果...
-
重测序分析（1）软件安装
今天开启重测序分析专题啦！恳请各位观众老爷点点关注！ 所有分析均在linux系统上完成整个重测序分析流程涉及到的软件非常多，本节介绍重测序常用软件的安装方法。 安装R包 使用...
-
hifiasm软件安装与使用
HiFi测序以及hifiasm软件的使用，目前是市场上二倍体动植物基因组组装的最佳选择，没有之一，多倍体目前也是最佳选择,也正因为HiFi跟hifiasm软件，使得动植物基因...
-
RagTag：同源锚定延申将基因组组装到染色体水平无非就是两种方式： 独立组装（de novo）； 基于参考基因组的组装（reference-guided）；** 即用近缘或者同一物种的基因组染色...
-
冲积图和桑吉图的比较图1是冲积图，图2室桑吉图。 冲积图（Alluvial plot）：（左右没有先后顺序，不存在箭头表示先后，左右的位置可以随意互换） 显示如何跨类别维度分配事实群体。 左/右...
-
群体结构——PCA分析概念 PCA（principal components analysis）即主成分分析。主成分分析也称主分量分析，旨在利用降维的思想，把多指标转化为少数几个综合指标。 在统计...
-
【软件使用】PyMol入门教程主要讲述PyMOL中常见的图形界面（鼠标）操作 1.认识PyMol 1. 软件界面介绍 1.2 内置demo介绍 打开PyMOL,点击1.1菜单窗口的Wizard菜单，然后点...
-
基因注释：MAKER全记录（参照徐洲更老师）
MAKER 目前支持 🔹SNAP (效果好、易于训练，但在长内含子的基因组上表现不如其他软件）🔹Augustus (效果好、训练麻烦但提升效果好)🔹GeneMark (自我训...
-
好物分享——R语言版本的bedtools不要重复造轮子 ——“哈喽，能请教你一下怎样在R server中调用Linux下的工具？”——“你为什么要这么做呢？”——“我想把Linux工具输出的结果直接在R中分析，不想...
-
SRA下载数据及转化为fastq方法可参考https://www.jianshu.com/p/0694fcb77157[https://www.jianshu.com/p/0694fcb77157]的四种下载方...
-
Python远程连接服务器用它就够了
1 简介 日常工作中经常需要通过SSH连接到多台远程服务器来完成各种任务，当需要操作的服务器众多，且要执行的任务涉及命令繁多时，如果可以以自动化的方式模拟SSH连接及执行命令...
-
使用Kibana进行数据可视化分析1. 使用Index Pattern配置数据 索引模式(Index Pattern)是kibana与ES之间数据沟通的桥梁。Kibana允许将ES中相同的一组索引定义为一个索...
-
序列比对 —— Hisat2HISAT2是一个快速和敏感的比对软件，用于将二代测序数据（DNA和RNA）比对到基因组数据。 官网：http://daehwankimlab.github.io/hisat...
-
跟着Nature Communications学画图：R语言ggplot2画带有底纹的柱形图论文是 Bioactivity descriptors for uncharacterized chemical compounds 本地存储文件名 s41467-021-2...
-
手把手带你绘制CNS级别的气泡图本节来介绍如何使用ggplot2绘制气泡图，下面通过2个小栗子来可视化2002年全球人均收入与预期寿命之间的关系 加载R包 自定义颜色 ggplot2绘制气泡图 可以看到通过...
-
纯生信发文的新技能，同一份GEO数据可以发两篇SCI
为什么有些人总是能发好几篇纯生信SCI？因为人家掌握了方法，例如利用同一份GEO数据可以发两篇SCI，具体操作如下： 第一篇纯生信SCI可以这样做： 第一步，数据下载处理、合...
-
2021，这样文献检索，厉害了！检索实战案例：近十年维生素C在普通感冒中的治疗的文献 大家好， 我们是科研风雨路，点击右上方“关注”，每天为你分享一些科研知识，共同进步。划重点啦！接下来主要讲解的是：老板让...