1 RNN的缺点 上文我们已经介绍了经典的RNN。这篇文章主要聚焦在RNN的改良版：LSTM。关于RNN的，教科书上说RNN容易造成梯度消失或梯度爆炸，但是为什么呢？如果有一...
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韩遇安浅论LSTM -
《使用Encoder-Decoder架构+LSTM完成机器翻译任务》1 背景 在neural machine translation的任务中，由于RNN每个时间步只能看到过去的信息，无法看到完整的上下文。除此之外，由于source langu...
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韩遇安关于CNN的一些小思考1 CNN中的一些重要的概念 关于卷积，就是卷积核（kernel）在figure上移动，对应位置相乘然后求和（加权和） 关于池化，分为最大池化和平均池化，是一种下采样（降维）...
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《全网超全的保姆级 GSEA 代码教程》1 帮师姐做了 GSEA 的相关分析，发现有几点比较容易出错，可以注意一下： 1 GSEA 的 input 是没进行过筛选的 DESeq2 差异表达分析的结果，只是通过 lo...
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WGBS 下游分析下载CpG 岛的文件fromUCSC，不过坐标系统需要处理一下： methylKit Tutorial link:https://bioconductor.org/packa...
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WGBS 上游分析0.Introduction to the Principle of WGBS Whole Genome Bisulfite Sequencing (WGBS) is a h...
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CHIPseeker 注释 peak在 macs2 callpeak 之后，我们想要知道:the distribution of peaks, like intron/exon and so on.So we ...
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Chip-seq and ATAC-seq数据来源： 1.原始数据下载 2.过滤低质量读段并生成QC 报告 3 Mapping 其中Go_Chip_Seq_PE脚本内容为： 最终生成6 个文件，满足大多数情况下的下游...
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Bulk-seq analysis1.下载 ensembl 参考基因组和注释： 2.STAR 生成索引文件 3.STAR Mapping slurm 脚本： 4.FeatureCount生成 rawcount...
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一个简单的方法下载 TCGA 中的 MAF 文件0. open this website 1.页面如下 2. 点击 Data Sets，输入你感兴趣的 Cancer type，这里我的选择是：Breast Invasive...
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WES 实战全外显子组测序（Whole Exome Sequencing, WES）技术简介 定义与原理 全外显子组测序（WES） 是一种高通量测序技术，专注于对人类基因组中 外显子区域...
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《GSEA富集图（Enrichment Plot）解读指南》图片来自https://www.biostars.org/p/367191/[https://www.biostars.org/p/367191/] 第一部分富集曲线： 富集...
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