第一张图里的相关性是按照样本类型划分的，再算的吧，跟下面的代码好像不一样唉。
不同单细胞群之间的相关性分析单细胞绘图系列： Seurat绘图函数总结[https://www.jianshu.com/p/95e61f7e834d] 使用ggplot2优化Seurat绘图[https...
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作者没有直接注释出细胞类型吗？
文献学习107-IL-1β+ macrophages fuel pathogenic inflammation in pancreatic cancer
1. Identification of IL-1β+ TAMs in PDAC Fig 1a-c： 作者对新鲜分离的来自naive 或 chemotherapy treat...
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多组织样本可以汇集到一起吗？
ChromHMM： 染色体状态的分类
前言 时间过的真快，一转眼距离上一次发帖已经过去两周的时间，不知道这两周时间自己都忙了些啥，时间就没有了。真的是越穷越忙，越忙越穷啊！ 上周测试了一个软件——Chro...
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echo、print_r、print、var_dump之间的区别
echo、print是php语句，var_dump和print_r是函数 echo 输出一个或多个字符串，中间以逗号隔开，没有返回值是语言结构而不是真正的函数，因此不能作为表...
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@fatlady 是文件里的，那个文件好像是个脚本吧。
差异表达基因检测 | EBSeq
写在前面 要帮朋友做RNA-seq的分析，cases vs. controls总共4个样本（2 vs. 2)，看到文献（实验设计比较类似）里用的是EBSeq较为频繁，所以用这...
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@fatlady 嗯嗯，一共三行指令还有非法字符，我看了一个人的方法是将含有非法字符的指令内容都去掉即可，但是我试了没有成功。
差异表达基因检测 | EBSeq
写在前面 要帮朋友做RNA-seq的分析，cases vs. controls总共4个样本（2 vs. 2)，看到文献（实验设计比较类似）里用的是EBSeq较为频繁，所以用这...
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@taoyan 数据没问题，之前添加P值时候用的是anova的方法，结果得到的三个P值都是一样的，我换了t.test的方法得到的结果和单独anova检验是的结果一样了。
R语言可视化学习笔记之添加p-value和显著性标记
上篇文章中提了一下如何通过ggpubr包为ggplot图添加p-value以及显著性标记,本文将详细介绍。利用数据集ToothGrowth进行演示 比较方法 R中常用的比较方...
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你好，请问我将报错文件中的无法识别字符删除了还是报错，可能的原因有什么。
差异表达基因检测 | EBSeq
写在前面 要帮朋友做RNA-seq的分析，cases vs. controls总共4个样本（2 vs. 2)，看到文献（实验设计比较类似）里用的是EBSeq较为频繁，所以用这...
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您好，我在给小提琴图添加P值时遇到一个问题，我的样本组有三组，使用ggpubr计算P值后得到三个P值都是一样的，可能时什么原因造成这种情况呢。
R语言可视化学习笔记之添加p-value和显著性标记
上篇文章中提了一下如何通过ggpubr包为ggplot图添加p-value以及显著性标记,本文将详细介绍。利用数据集ToothGrowth进行演示 比较方法 R中常用的比较方...
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数量生态学笔记||非约束排序||PCoA主坐标分析（Principal Coordinates Analysis ,PCoA, =Classical Multidimensional Scaling ，cMDSca...
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本科毕业于浙江大学，硕士毕业于复旦大学，浙大读博ing。<br>如果没有及时回复可以发送邮件：jlyq617@gmail.com
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Qiime1-16.LEfSe输入文件如何生成？如何使用LEfSe？今天我们要来介绍在16S分析中经常用到的另一个在线分析工具LEfSe。该工具是由Huttenhower小组开发的，用于通过相对丰度来发现2个或更多个组之间的生物标记。本节主要...
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Alpha多样性【转】
Alpha多样性是指一个特定区域或生态系统内的多样性，是反映丰富度和均匀度的综合指标。Alpha多样性主要与两个因素有关：一是种类数目，即丰富度；二是多样性，群落中个体分配上...
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北京基因组所研究生在读，实验&生信小蜗牛一只。欢迎一起讨论呀~ <br>liulinli17m@big.ac.cn
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BBQ(生物信息基础问题35，36)：RNA-Seq 数据的定量之RPKM，FPKM和TPM在讨论RNA-seq相关方法的时候，我们有一个基本的假设。就是说我们对细胞/组织/个体的不同状态进行比较，然后就是为了寻找到差异表达的基因。然后从差异表达的基因去推测其生...
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