写在前面 热图,或称热力图,是外文 Heatmap 的直译。在几乎所有数值分析相关工作中都可以看到。生物信息学数据,自然躲不过。无论是形态数据,还是基因拷贝数数据,或是基因表...
![240](https://cdn2.jianshu.io/assets/default_avatar/10-e691107df16746d4a9f3fe9496fd1848.jpg?imageMogr2/auto-orient/strip|imageView2/1/w/240/h/240)
写在前面 热图,或称热力图,是外文 Heatmap 的直译。在几乎所有数值分析相关工作中都可以看到。生物信息学数据,自然躲不过。无论是形态数据,还是基因拷贝数数据,或是基因表...
这个问题怎么解决,感谢
> heatmap <- Heatmap(
+ assay(res_data),
+ name = "DNA methylation",
+ col = matlab::jet.colors(200),
+ show_row_names = FALSE,
+ cluster_rows = TRUE,
+ cluster_columns = FALSE,
+ show_column_names = FALSE,
+ bottom_annotation = ta,
+ column_title = "DNA Methylation"
+ )
Error in (function (classes, fdef, mtable) :
unable to find an inherited method for function ‘assay’ for signature ‘"data.frame", "missing"’
TCGA 数据分析实战 —— 差异甲基化区域模体分析前言 DNA 甲基化在许多细胞进程中扮演重要的角色,例如胚胎发育、基因印迹、X 染色体失活和维持染色体稳定性。 在哺乳动物中,DNA 甲基化很少见,其产生位置分布在整个基因组...
参考这篇ID转换不用怕,clusterProfiler帮你忙这篇详细讲了无参考基因组该怎么办,值得一看 简单介绍一下几种常用的ID:Ensemble id:一般以ENSG开头...
function.R哪里get到
折腾了许久才复现出的WGCNA图-GSE106292你值得拥有前些天老大布置了WGCNA的作业:下载GSE106292 数据集的 Excel表格如何读入R里面,做出作者文章中那样的图,但是分组很复杂,需要去文章中找细节内容,老大jimm...
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4.将差异甲基化位点拿来做批量生存分析 logrank test批量生存分析 这里和TCGA系列里的内容是一样的,详见:两种方法批量做生存分析 得到110个对生存影响显著的差...