今天分享一个实用的数据提取思路：从VCF文件中提取指定列，比如有1000个样本，需要从中提取出200个制定样本，形成新的vcf文件。需要在Linux环境下进行操作，主要用到p...
发简信
IP属地：海南
-
Linux环境下利用perl脚本批量筛选VCF文件指定样本
-
@流光0_0 好的，谢谢。
bamCoverage报错：[W::hts_idx_load3] The index file is older than the data file: ·····.bam.bai
在使用bamCoverage将bam文件转换成bw文件时发现日志文件有许多警告信息： [W::hts_idx_load3] The index file is older t...
-
因为我的是硬盘传上去的数据，索引文件小，所以时间较早
bamCoverage报错：[W::hts_idx_load3] The index file is older than the data file: ·····.bam.bai
在使用bamCoverage将bam文件转换成bw文件时发现日志文件有许多警告信息： [W::hts_idx_load3] The index file is older t...
-
这个报错会影响输出结果文件嘛
bamCoverage报错：[W::hts_idx_load3] The index file is older than the data file: ·····.bam.bai
在使用bamCoverage将bam文件转换成bw文件时发现日志文件有许多警告信息： [W::hts_idx_load3] The index file is older t...
-
人类泛基因组草图发布近日，人类泛基因组参考联盟（HPRC）在《Nature》杂志上发表了《人类泛基因组草图》。相较于我们常用的GRCh37、GRh38 等线性参考基因组，泛基因组在微小变异检测和...
-
最完整的人参考基因组
最近看了一篇人基因组组装的文章，和大家分享一下。 国际人类基因组测序协会在2001年发表了人类基因组草图，今天这篇文献2021年5月27由Telomere-to-Telome...
-
人类参考基因组知识点(更新ing~)一、人类基因组有多大 参照UCSC提供的hg38版本，也是目前常用的人类参考基因组http://hgdownload.soe.ucsc.edu/goldenPath/hg38...
-
2020-01-15 了解人类不同版本参考基因组及如何选择2013年发布了GRCh38，每年会在不改变序列和坐标的情况下发布一些Patcheshttps://www.ncbi.nlm.nih.gov/grc/help/patches...
-
生信 | 基因组组装实战（一）：基础知识与基本思路写在前面 以下内容均来自菲沙基因（Frasergen[http://www.frasergen.com/]）暑期生信培训班课堂笔记 1. Genome de nove 基础知...
-
十问十答| 你想知道的重测序问题都在这了！
1. hg19、GRCh37、GRCh38、B37这4种参考基因组的区别？ （1）来源： hg19来自UCSC，GRCh37、GRCh38来自NCBI，b37来自千人基因组第...
-
1092个人类基因组遗传变异的综合图谱（千人基因组计划）这次分享的是1000基因组项目联合会在2012年发表在Nature (IF:49.962, 2020) 上的文章An integrated map of genetic va...
-
你好，想问一下，我相同的命令画出来的Png图，染色体边上有留白。你有遇到过这种情况嘛，怎么处理呢
dotPlotly－Minimap2比对paf文件比对可视化
最近进行基因组共线性分析，基因组比较大，利用nucmer比对报内存，改用minimap2进行比对分析，进行可视化发现dotPlotly[https://github.com/...
-
「R绘图」minimap2的PAF文件如何进行可视化？
Minimap2是知名比对工具BWA的开发者Li Heng新开发的比对工具，它能够快速的将DNA或者mRNA序列比对到参考基因组上，使用场景有下面几种： 将PacBio或OX...
-
2021-06-26 dotPlotlydotPlotly 是两个R 脚本的项目，可以用来画paf文件格式（minimap2 比对软件的默认输出格式）mummer (nucmer -> show-coords) o...
-
dotPlotly－Minimap2比对paf文件比对可视化最近进行基因组共线性分析，基因组比较大，利用nucmer比对报内存，改用minimap2进行比对分析，进行可视化发现dotPlotly[https://github.com/...
-
@Chipcui 好嘞，谢谢博主。
基因组结构变异检测工具的整合
前言 从原核到真核，几乎所有生物的表型变异，环境适应和物种形成都与基因组间的结构变异有关。而关于结构变异检测的工具也有很多，几乎都是基于二代测序数据。然而，由于不同的工具针对...
