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GWAS | 3. 群体结构之PCA主成分分析前期准备 给标记加上ID SNP data通常都是以VCF格式文件呈现，拿到VCF文件的第一件事情就是添加各个SNP位点的ID。先看一下最开始生成的VCF文件： 可以看到，I...
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对SNP的VCF文件质控筛选对SNP的VCF文件质控筛选 1.vcfR简介 vcfR is a package intended to help visualize, manipulate and qu...
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单细胞测序分析: Seurat V3联合harmony进行单细胞数据整合分析#R包导入 #数据 数据下载pbmc_stim 数据导入 #初始化Seurat 对象 使用Harmony之前，需要构建一个Seurat对象， 进行一个标准的Seurat分析（...
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RNA-seq(5):序列比对：Hisat2比对软件很多，首先大家去收集一下，因为我们是带大家入门，请统一用hisat2(官网https://ccb.jhu.edu/software/hisat2/index.shtm...
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Stringtie的使用说明
参考文献：stringtie enables improved reconstruction of a transcriptome from rNA-seq reads帮助文...
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StringTie + DESeq2 进行 RNA-seq 差异基因分析按：RNA-seq 流程非常多样化，每一个步骤可选工具都非常多。我的选择是 StringTie 进行组装取得 read counts 数值，DESeq2 分析差异基因。这里把...
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单细胞测序实战（第一部分）这次要练习的文章数据出自：Spatially and functionally distinct subclasses of breast cancer-associated...
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一只健忘猪
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普通转录组将表达矩阵拆分成protein_coding和 lincRNAfeatureCounts设置了很多的参数，我的测序数据是RNA-seq，包含了mRNA=protein_coding RNA,LncRNA这些，所以，我想把它们区分开 特别...
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miRNA-seq小RNA高通量测序pipeline：从raw reads，鉴定已知miRNA-预测新miRNA，到表达矩阵【二】该教程分为2部分，第1部分在：miRNA-seq小RNA高通量测序pipeline：从raw reads，鉴定已知miRNA-预测新miRNA，到表达矩阵【一】 到此时，原始...
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单细胞之轨迹分析-2：monocle2 原理解读+实操轨迹分析系列： 单细胞之轨迹分析-1：RNA velocity[https://www.jianshu.com/p/ee0f7a8e6a06] 拟时间序列分析（Pseudot...
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scRNAseq双细胞去除-1: DoubletFinder10x平台的双细胞率（符合泊松分布1）： 根据Poisson分布，单个液滴包含超过一个细胞（doublets或multiplets）的频率随着上机细胞的浓度而改变。通常如果上...
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单细胞转录组双细胞判别软件scDblFinder起因：最近有个问题样本，跑完cellranger，样本的cellranger结果如下，细胞数目极高(3W+)。在后续数据质控分析中，线粒体基因占比和双细胞率均很高，用scDb...
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单细胞数据整合-1：Harmony原理介绍和官网教程目录：1. 原理介绍2. 操作演示3. 关于Harmony操作是否会对差异分析产生影响 1. 原理介绍 官网：https://github.com/immunogenomic...
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Seurat取子集时会用到的函数和方法在单细胞数据分析中，在确定细胞类型后，除了可以进行差异表达基因分析外，还可以针对单个细胞类型进行分析特定分析，这时就需要我们提取细胞子集分开处理了。 一、Seurat数据格式...
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2021-05-24 单细胞转录组高级分析一：多样本合并与批次校正参考公众号：生信会客厅 使用目录向量合并 使用merge函数合并seurat对象 通过最后的dim和table函数查看数据，可以发现两种方法得到的基因数和细胞数完全一样。下面...
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使用monocle3进行拟时序分析（从Seurat对象开始）2023-08-31适用背景 单细胞转录组分析中如果涉及到发育或具有时间序列的细胞谱系，往往需要进行拟时序分析，而最最最常用的拟时序分析软件就是Monocle，如今它已经出到了第三个版本mono...
