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请问vcf中提取的eaf不在0-1范围内，应该怎么处理呀
怎样完整读取IEU的.vcf文件并转为数据框
大家好，好久不见，这个号目前只有我在写，所有更新随心所欲，想起来什么就发点啥，也不为挣钱，希望能跟大家分享一些自己在生信学习中的感受。 今天我们来学习一个有意思的事情，IEU...
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你好，请问如果我做某蛋白的GWAS SNP和pQTL SNP的共定位分析，pQTL的信息需要只把该蛋白的SNP挑出来吗？
post-GWAS：使用coloc进行共定位分析(Colocalization)
GWAS找到显著信号位点后，需要解释显著信号位点如何影响表型。常见的一个解释方法是共定位分析。 主流的共定位分析包括： 1）GWAS和eQTL共定位； 2）GWAS和sQTL...
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你好，请问本地数据怎么MR分析呢？按暴露共有的SNP合并行吗
多变量孟德尔随机化MVMR
孟德尔随机化推断暴露因素与健康结局的因果关系[https://www.jianshu.com/p/8ac31267d3d8] TwoSampleMR：两样本孟德尔随机化[ht...
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R数据分析：孟德尔随机化实操
好多同学询问孟德尔随机化的问题，我再来尝试着梳理一遍，希望对大家有所帮助，首先看下图1分钟，盯着看将下图印在脑海中： [图片上传失败...(image-9bf17c-1668...
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有相关性就有因果关系吗，教你玩转孟德尔随机化分析（mendelian randomization ）
流行病学研究常见的分析就是相关性分析了。 相关性分析某种程度上可以为我们提供一些研究思路，比如缺乏元素A与某种癌症相关，那么我们可以通过补充元素A来减少患癌率。这个结论的大前...
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Lasso + Cox 生存分析模式一、为什么需要用 Lasso + Cox 生存分析模式 一般我们在筛选影响患者预后的变量时，通常先进行单因素Cox分析筛选出关联的变量，然后构建多因素模型进一步确认变量与生存...
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工具 | 直接在网页上做标记？这些插件简直不要太赞
哈喽，大家好。 好久不见啊！！！ 2021年的第一篇推文来啦~ 有小伙伴在后台留言：浏览网页时如何做标记？ 所以这篇推文就来介绍一下~ 之前的推文中有介绍过，浏览网页时如何快...
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TCGA转录组差异分析后多种基因功能富集分析：从GO/KEGG到GSEA和GSVA/ssGSEA（含基因ID转换）测序上游分析系列： mRNA-seq转录组二代测序从raw reads到表达矩阵：上中游分析pipelinemiRNA-seq小RNA高通量测序pipeline：从raw r...
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基因相关性+药物敏感性分析①高低风险组某基因表达量差异分析 ②药物敏感性分析 安装 pRRophetic 包，首先要安装它的依赖包 依赖包安装成功后，从本地安装pRRophetic压缩包 安装好之后我...
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不是0.2<beta<0.6部分甲基化,<0.2完全未甲基化吗
从TCGA下载的甲基化数据格式解读
我的天，第一次接触甲基化数据，真是令人头大。那就先从TCGA上下载某一种癌症的甲基化数据开始吧。1、下载。数据的下载和RNA数据的下载方式是一样的，只不过你现在需要选择的是“...
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TCGA芯片数据下载及差异分析
好久没更新了，最近有点颓，但是该做的事情还是要继续。外包实验的事情最近搞得头大，要用一丢丢钱，做很多事情，这个真的是难，尤其是和公司谈判，心累。 今天我来做一下TCGA芯片数...
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简单的转录组差异基因表达分析 -- DESeq2经典的转录组差异分析通常会使用到三个工具limma/voom, edgeR和DESeq2。今天我们就通过一个小规模的转录组测序数据来演示DESeq2的简单流程。 文中使用...
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生信分析中的p值，q值，padj值和pvalue值
pvalue(pval): 统计学差异显著性检验指标。qvalue(p-adjusted): 校正后的p值（qvalue=padj=FDR=Corrected p-Value...
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你好，请问怎么确定需要去除的异常值啊？
TCGA甲基化芯片数据质控和过滤
在step1中，我们获得了TCGA中OSCC 的32个病人的T-N配对样本和对应的临床信息,并将其组成了一个名为my_Load的ChAMP对象。 2.样本和探针过滤 2.1 ...
