前言 HiC数据的另外一个用途就是可以推断染色体的3D结构。小编也是第一次做染色体三维推断的分析，而网络上也很少能找到关于此分析的帖子，所以在这过程中也是踩了不少的坑，所...
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PASTIS：从HiC矩阵推断染色体3D结构
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Hyphy，不亚于Paml的选择压力分析的优秀软件，使用指北
近几年来，Hyphy的使用人数越来越来多，虽然不及paml，但这款软件的一些优秀特性使得它值得受到使用和关注。首先相比paml，hyphy有以下几大优点： 操作使用简单。 运...
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在脚本里面调用conda创建的环境
事情源于，我在写脚本的时候，在脚本里面插入了一句 conda activate 环境名, 然后出现如下的报错提示 conda认为我没有初始化环境，我脚本是在bash环境下运行...
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服务器de novo部署shiny app到网页上为了方便别人快速使用我们文章的数据，先前给自己的project开发了一个shiny app，现在需要把这个APP部署到网页上，因此记录下整个部署过程。使用的是个空白的服务器，...
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基于VCF文件做基因渗入分析(Dsuite)Dsuite软件文章：Malinsky, M., Matschiner, M. and Svardal, H. (2021) Dsuite ‐ fast D‐statisti...
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群体进化分析--基因流及群体历史分析——我愿称之为史上最全基因流（也称基因迁移）是指从一个物种的一个种群向另一个种群引入新的遗传物质，从而改变群体“基因库”的组成。通过基因交流向群体中引入新的等位基因，是遗传变异一个非常重要的来源，...
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kraken2 微生物物种分类kraken 是微生物组分析进行物种分类的工具，目前已经是第二代 kraken2 了。kraken2 对比 kraken 重点优化了数据库创建速度和数据库大小，以及分类速度。...
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codeml的理论和实践最近被数据分析虐的死去活来，好难。 参考文献： Likelihood ratio tests for detecting positiveselection and appl...
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连雨不知春去，一晴方觉夏深
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更新go和kegg注释
非模式物种 step1:注释把本物种的蛋白序列用diamond到eggnog数据库比对 拿到eggnog的注释结果记得吧以#开头的行全部删掉step2:构建自己的物种数据库 ...
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群体遗传变异——拷贝数变异分析基因组发生重排而导致的,一般指长度1 kb 以上的基因组片段的拷贝数增加或者减少, 主要表现为亚显微水平的重复或者缺失。因此称为“微”缺失/重复变异。在基因组水平上，CNV ...
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生信步骤|kmc+genomescope进行基因组调查在组装未知基因组时，往往需要利用重测序数据提前进行基因组调查，以获取其基因组规模，杂合率，重复序列比例，GC含量等信息。从而更好地拟定后继测序策略。基因组调查可以采用kmer...
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Win/Linux平台批量处理FASTA文件的工具基因组测序技术的发展使得生物序列日益增多，从大量序列数据中挖掘有用的信息成为许多研究领域的重要手段，这就使得我们必须掌握一些序列处理的方法。其中，FASTA文件是基因组最为常...
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非模式生物本生烟草 (Nicotiana benthamiana) GO/KEGG富集分析 | 转录组AnnotationHub中没有本生烟草数据库，只好自己构建，再利用Y叔的clusterProfiler包做富集分析了。首先参考非模式生物富集分析[https://mp.we...
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2022-08-03【自用】【lncRNA流程】记录植物lncRNA分析流程文章
自用。内容都未在此详细记录，感兴趣的可以去看看文章。 桃Prunus persica 文章：Genome-wide identification and characteri...
