文章标题：CheckM2: a rapid, scalable and accurate tool for assessing microbial genome qualit...
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CheckM2终于更新了 -
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利用python自NCBI下载fasta和genbank文件
第一部分 自习室网络出奇的差，有时想打开NCBI网页下载文件时会一直在那里转圈圈，本来很简单的一件事有时却要浪费好长时间；恰好最近在学习 Bioinformatics wit...
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12-【ncbi-genome-download】的安装和使用
安装时间：2021.2.19 1. 简介 ncbi-genome-download是一个可以直接从NCBI上批量下载序列的软件，支持下载多种格式。 2. 安装 利用conda...
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NCBI中编号/编码说明
【NCBI编号】NCBI中编号/编码说明 在日常分析中，我们在NCBI数据中常常见到AC、NC、NM、NR、NP、NG等各类编号，这类编号分别代表着怎样的含义？我们该如何根据...
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Day 11 充分理解GSVA和GSEA单个基因集的GSEA分析 http://software.broadinstitute.org/gsea/msigdb/index.jsp GSEA官网列出关于msigdb基...
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2021-07-02 clusterProfiler分析GSEAGSEA（Gene Set EnrichmentAnalysis），即基因集富集分析，无需设定阈值来区分上调下调基因，使用所有的基因进行分析。 GSEA分析只需要两列信息，基...
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用clusterProfiler进行GSEA分析
****今天来关注如何使用clusterProfiler系列包来分析GSEA** 导入包，导入数据 今天比昨天多导入了一个ReactomePA包，这个包也是Y叔开发用来分析R...
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单细胞转录组功能分析（超详细clusterProfiler,GSEA,GSVA分析）单细胞分析不可避免的会涉及到鉴定不同细胞类型的功能或比较相同类型在不同状态下的功能差异，因此，功能分析在单细胞分析中相当重要. 功能分析的方法很多，这儿我们主要讲述3种功能分...
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R语言分析7：GSEA分析（Gene Set Enrichment Analysis）定义：GSEA（Gene Set Enrichment Analysis）是一种基于基因集的富集分析方法， 用来评估一个预先定义的基因集的基因在与表型相关度排序的基因表中的分...
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R做GSEA富集分析首先感谢Y叔的clusterprofiler神包，做富集分析优点是在线爬取数据，结果很可信，但是缺点也是网络问题，网络差点就要等很久，不过GSEA有自带GMT文件，因此下载好...
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DESeq2差异分析十全大补使用笔记写在前面：新手老菜鸟，个人心得，不足之处欢迎交流指正；写作不易，转载前请联系我征得同意，谢谢。 1.基本原理 1.1 概述 全称：DESeq2 package for dif...
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Bioconductor:DESeq2
摘要 测序产生的数据内容为，每个样本中，每个基因分配到多少个测序片段，各种类型的测序（RNA-seq，CHIP-Seq，HiC）产生的数据类似。RNA-seq数据分析的一个基...
