我觉得处理任何事情，不仅要做到“知其然”，还要做到“知其所以然”。在做事情时，如果仅知道低头蛮干，不知道抬头看路；只知道跟着“牵牛绳”的方向，在鞭子的抽打下前进或停止，那么最...
IP属地：山东
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祖先状态重建—揭示物种性状的起源与演化 -
PAML之codeml正选择问题 2020-10-10
原理参考：http://www.chenlianfu.com/?p=3084[http://www.chenlianfu.com/?p=3084]解析参考：https://u...
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同源染色体片段检测工具ColinearScan的使用写在前面 更好的阅读体验请移步这里。确定染色体同源片段是基因组学研究的一个重要方面，有助于揭示基因组在历史上发生的多种多样的进化事件，如DNA复制、染色体重排、基因丢失等。研...
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Hyphy，不亚于Paml的选择压力分析的优秀软件，使用指北
近几年来，Hyphy的使用人数越来越来多，虽然不及paml，但这款软件的一些优秀特性使得它值得受到使用和关注。首先相比paml，hyphy有以下几大优点： 操作使用简单。 运...
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使用 PAMLX-MCMCTree 可视化估算物种分歧时间（这里只列流程，原理和具体参数设置请参照说明书，推荐使用 Windows系统，不需要编译） 1、软件下载及安装（http://abacus.gene.ucl.ac.uk/so...
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如何高效而且优雅地比较多物种的不同基因组区域？写在前面 高通量测序技术的普及，带来的是遍地的基因组。昨日，OneKP项目又发了一个Paper【因为很久以前他们就发过，数据也早就可以获取】。他们再发多少paper，事实上，...
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Motif中的PWM矩阵PWM矩阵是表示motif的一种方式，全称是position-specificweightmatrix(PSWM)或者是position-specificscoringmat...
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Motif和domain的区别Protein domain： 结构域的概念由Wetlaufer于1973年首次提出，他定义结构域为可以自动折叠的稳定的蛋白质结构单位。过去，结构域被描述为，折叠单位，致密结...
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泛基因组工具: Roary, panX, PEPPAN, PGAP引用文章标题：Insights on the Evolutionary Genomics of the Blautia Genus: Potential New Specie...
