论文发表之前我们常常会有递交测序数据到NCBI的需求，这些数据例如：基因组，转录组，ChIP-seq，ATAC-seq，基因组注释文件，三代测序原始数据等都有不同的NCBI子...
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NCBI组学数据上传流程 -
比较基因组学分析3：特异节点基因家族富集分析（非模式物种GO/KEEG富集分析）比较基因组学分析目录 1：单拷贝基因构建物种树以及计算分化时间[https://www.jianshu.com/p/10bb4410ae3d]2：基因家族收缩与扩张分析[ht...
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转座子（TE,散在重复）特征及其对基因组影响基因组中重复序列大体分为两类：串联重复（Tandem repeats，Tandem Duplication） （TRF可预测）散在重复（Dispersed repeats），...
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名词讲解：转座子（TE）、LTR、假基因转座子参考[http://blog.sciencenet.cn/blog-1509670-1205415.html]转座子数据库 Trep[http://botserv2.u...
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这个流程适用于HIFI测序吗
利用PacBio数据检测DNA修饰
以PacBio为代表的三代测序公司开发的第三代测序技术既可以直接测得DNA碱基序列，又可以测得其碱基上的修饰。 SMRT(Single-Molecule Real-Time)...
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Ks值用TBtools计算不出来？讲一个故事Ka，Ks（或Dn，Ds），这两个值以及他们的比值分别被赋予了一定的生物学意义。其中最为常用的是两者的比值，存在这么一种常见认知： ka/ks>>1 正选择 ka/ks~1 ...
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那解决如何解决呢？我现在也出现了很多NaN，并且是KaKs。
Solved! | 为什么我 Ka/Ks 计算出来的总是 NaN？
写在前面 很久以前，参考NG86计算逻辑提出的文章，我在TBtools中写了Simple Ka/Ks Calculator，旨在理解算法，具体可见 《批量计算dn/ds，粗略...
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主要分享一些自己的学习过程，以菜鸟干货为主，大家有问题可以在我的博客交流(打赏也是)<br><br>
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比较基因组学分析2：基因家族收缩与扩张分析比较基因组学分析目录 1：单拷贝基因构建物种树以及计算分化时间[https://www.jianshu.com/p/10bb4410ae3d]2：基因家族收缩与扩张分析[ht...
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还是无法运行，报错。
DBI connect('database-;host=localhost','root',...) failed: Can't connect to local Mys0l server through socket/var/run/mysgld/mysgld.sock' (2) at /usr/local/src/PASAppeline/PerlLib/DB connect.pm line 72.
Cannot connectto Can't connect local Mysql server through socketvar/run/mysgld/mysgld .sockdb.dbi line 57.Error, cnd: /usr/local/src/PAApipeline/scripts/create mysl cdnassembly dbdbi - /home/w/work/sample data/alianAssenbly,config -5 "/usr/ocalcdna alignment mysglschema' died with ret 65280 No such file or directory at /usr/local/src/PASApipeline/Perlib/pipeliner.pn line 187给装不上PASA的人的一剂良药
笔者试了几天，死活装不上PASA，几乎绝望了，幸好在PASA的官网上发现可以用docker来安装，太高兴了。貌似国内没有教程，写一下吧。官方链接在此[https://gith...
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基因组文章 | 杜鹃《Nature Communications》2020前言 这篇文章是2020年10月19发表在Nature Communications杂志上。文章研究的是杜鹃花，主要做了三部分内容：（1）基因组组装注释（2）基因组进化分析（...
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你好，有个问题是，这种mcscan的方法是基于蛋白的BLAST。但是JCVI那种是不是只能输入CDS？我想做JCVI那种图，又用蛋白BLAST方法为基础，如何办呢？
基因组共线性工具MCScanX使用说明
MCScanX是检测基因共线性和进化分析的常用工具之一，2012发表至今引用数200+，作者之一的唐海宝老师是国内植物基因组学生信分析、软件开发领域的大拿，在学习使用MCSc...
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https://weibo.com/2215415680/Lp043sOxg
LTR-RTs的鉴定,LAI值的计算
LAI是一种新的评估基因组组装质量的评价标准。LTR讲解[https://www.jianshu.com/p/a93cdbc36339]部分转载自https://www.ji...
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您好，用LTR-Retriever运行生成的个别物种LAI值大部分都聚在了0，请问是什么问题？是只有极少的转座子，还是测序的问题，或是其他？ @wo_monic
https://wx1.sinaimg.cn/bmiddle/840c8f80gy1h1drt65k7vj20ig0iggm3.jpg
https://wx2.sinaimg.cn/mw2000/840c8f80gy1h1drtaafy8j20ig0igq3f.jpgLTR-RTs的鉴定,LAI值的计算
LAI是一种新的评估基因组组装质量的评价标准。LTR讲解[https://www.jianshu.com/p/a93cdbc36339]部分转载自https://www.ji...
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我也想问呢。做数据库分析好多芯片数据涉及基因有限？是不是分析的意义也有限呢？
基因芯片 寻找探针所对应的基因ID
最近在学习处理芯片数据，遇到一个问题就是芯片数据和基因ID之间的对应问题。不然感觉自己做出的东西没有办法分析。 先来看一下芯片探针与基因直接的关系： ·探针组与基因关系：...
