双轴的作用 双轴图是将两个不同量级的数据放在同一图像中显示的方法。如果不使用双轴图而直接将两组量级不同的数据放到同一图像中，就会造成一组低量级数[https://link.z...
发简信
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数据可视化_科学统计图表2——ggplot绘制双轴图（双纵坐标、双y轴） -
R语言数据可视化_科学统计图表1——ggplot绘制火山图什么是火山图******？ 火山图中每个点代表一个基因，常被用于展示差异，比如差异表达基因、差异微生物等等。 火山图的两轴分别表示基因表达值差异的显著性和差异的程度 (1)火...
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如何筛选基因用于后续研究？——Hub gene 识别方法Hub gene在生物学研究中是一个高频词汇，它不仅在frontier这类优秀期刊中被用来疯狂的灌水，更会在Nature，Cell这种顶级期刊中出现。 1. 什么是Hub g...
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单细胞之轨迹分析-2：monocle2 原理解读+实操轨迹分析系列： 单细胞之轨迹分析-1：RNA velocity[https://www.jianshu.com/p/ee0f7a8e6a06] 拟时间序列分析（Pseudot...
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@小白要变大神 你确定是bedtools崩溃了吗= =，我感觉bedtool改版过，把subtractBed变成了bedtools subtract，然后我改了源代码之后就好了
DaPars——APA分析3’UTR
Backgroud APA（alternative polyadenylation）在大多数人类基因的转录后调控中发挥着重要作用。通过使用不同的多聚腺苷酸化(poly(A))...
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用Rstne跑七万个细胞的数据，跑了一宿没出来。
赶紧看看这个Fltsne，不然等会老师来了必然大开杀戒FIt-SNE || 是时候给tSNE加个速了
随着单细胞通量的提高，对我们的计算速度要求也越来越高。我们知道在绘制图谱的时候现在有两个选择:tsne和umap。虽然umap在速度上有很大的改观，但是毕竟还有人需要tsne...
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周老师是在诺禾上班吗，我有套单细胞数据在您那测的，有个filtered_matrix，这是做过doubletfinder的吗
DoubletFinder
相信各位做单细胞的童鞋们，都遇到过去除多细胞的情况，而Cellranger默认的是前1%（3000cell），对于低质量的细胞有了算法来确认是否保留，但是对于多细胞而言，Ce...
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ggplot2使用patchwork包高质量拼图安装所需要的R包 加载所需的R包，并将默认主题设置为theme_bw()，并将图例放在图的顶部 创建一些基本图像： patchwork包水平拼接 垂直布局可以通过向plot_...
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MSigDB数据库数据库中定义了已知的基因集合： 包括H和C1-C7八个系列（Collection），每个系列内容为： H: hallmark gene sets （效应）特征基因集合，共...
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trainControl含数——计算交叉验证
trainControl中两个的意义 repeats 重复次数 number 几折 trainControl(method = "repeatedcv", ...
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RNA velocity分析练习（三）生成loom文件
系列回顾：1.RNA velocity分析练习（一）文件下载以及预处理2.RNA velocity分析练习（二）软件安装 Velocyto软件针对不同测序平台，有不同的方法进...
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先合并再标准化还是先标准化再合并？
10X单细胞转录组下游流程-1-整合多个cellranger结果
1. 写在前面 因为后续的课题以及下一次的JC都准备做单细胞的，所以开始学习单细胞转录组的下游分析。 又因为7月在珠海跑过一次基于Seurat v2的单细胞转录组下游流程，所...
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单细胞交响乐12-检测Doublet刘小泽写于2020.7.15为何取名叫“交响乐”？因为单细胞分析就像一个大乐团，需要各个流程的协同配合单细胞交响乐1-常用的数据结构SingleCellExperiment单...
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RNA-seq完整分析过程linux基本命令 第六章 Linux文件与目录管理 极客学院服务器 高通量相关基础知识 生信一百讲 1、 Anaconda Anaconda是一个Python下和Canop...
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MSKCC Research Associate<br>别赶不上野心，又辜负了努力
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蒲公英会死在追寻的路上，但它的种子会踩着它的尸体越飘越远
没有理想的人不伤心
按照惯例每年生日都会写一篇文，但是今年6月的时候没有太多的想法，所以就搁置了，时隔2个月，终于有了起笔的想法。 看了看上一年的日志，我想在去年写日志之时，无论如何都不会想到今...
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没有理想的人不伤心
按照惯例每年生日都会写一篇文，但是今年6月的时候没有太多的想法，所以就搁置了，时隔2个月，终于有了起笔的想法。 看了看上一年的日志，我想在去年写日志之时，无论如何都不会想到今...
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单细胞测序分析之Seurat（3.0）包学习笔记上一篇文章深入学习了Monocle2包，这次来继续学习Seurat包。Seurat官方网站：https://satijalab.org/seurat/v3.1/pbmc3k_...
