由于层次聚类的问题（数据量太大的时候，层次聚类的速度很慢，同时会报堆错误，出现内存溢出），inferCNV的不能处理大批量的数据。另外，对于来源于不同病人的样本，inferC...
IP属地：吉林
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inferCNV相关思考（配对样本、多样本问题 ） -
ubtuntu服务器版本不停重启与英伟达驱动安装的问题
以下情况针对本服务器的版本安装dkms后系统出现不停重启的情况以及显卡驱动安装的情况 Linux version 5.4.0-125-generic (buildd@lcy0...
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10X单细胞（10X空间转录组）多样本批次效应去除分析之RCA2hello，国庆上班了，不知道大家过的怎么样，今天我们来分享一个新的多样本整合批次去除的好方法，RCA2，很好的方法，文章在RCA2: a scalable supervis...
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R包hdf5r安装报错在安装loomR的时候，必须要先安装hdf5r 但是hdf5r 这个包一直安装有问题，GitHub上有一个issue 专门讨论https://github.com/hhoef...
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免疫组库系列-R包DivE的使用
中文应该只有我写了这个。。 “ DivE”估计量是一种启发式方法，用于估计种群中的种类数量或物种数量(物种丰富度)。 文章 Quantification of HTLV-1 ...
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CLIP、RIP-seq讲座视频笔记系列笔记基于达澈生物讲座视频，从中初步学习了解生信分析中常遇到的组学分析技术。ChIP-seq和 CUT&Tag、CUT&RUN讲座视频笔记 - 简书 [https://w...
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[R] 如何快速生成许多差异明显的颜色？这个需求真的太常见了！注意问题强调的几个关键词：一是快速，二是大量，三是差异明显。在生成大量元素比较图时要明显区分不同样本，比如宏基因组中的物种分析： 方法一：自定义 自定义...
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R语言 -- customLayout 包 拼图目标 使用R拼出这样的一张图： Let's start 1. 安装 customLayout 包 简单介绍一下 customLayout 包： lay_new(mat, wi...
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用R来拼图和排版，告别AI和PS(三)：添加注释信息前面我们讲了用R来拼图和排版，告别AI和PS(一)[https://link.zhihu.com/?target=http%3A//mp.weixin.qq.com/s%3F...
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AUCell：计算单细胞转录组的每个细胞中特定基因集的活性程度AUC允许在单细胞rna数据集中识别具有活性基因集（如gene signature,gene module）的细胞。AUCell使用曲线下面积来计算输入基因集的一个关键子集是...
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如何给Seurat对象的基因重命名？【基因名转换】2022-07-27
适用背景 在单细胞分析中，必要的一步是对每个细胞进行注释，这相当于给每个细胞打个标签，或者说起个别名，这些信息都存在@meta.data信息里，所以不用特意去更改细胞名字，S...
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scRNA基础分析-3：鉴定细胞类型scRNA基础分析-1:安装包、导入数据、过滤质控 - 简书 scRNA基础分析-2：降维与聚类 - 简书 scRNA基础分析-3：鉴定细胞类型 - 简书 scRNA基...
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单细胞转录组||Seurat新版教程:Guided Clustering Tutorial同系列文章： sc-RAN-seq 数据分析||Seurat新版教程:Guided Clustering Tutorial[https://www.jianshu.com/p...
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单细胞测序分析之PCA后维度的选择关于“数据的维度”(dims参数)的选择 完成PCA之后，我们获得了该数据集的所有主成分（PCs）信息，但是如何决定纳入多少个主成分进行下游分析呢？ 主要参考以下方法： 热图...
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结合Seurat批量去双胞（DoubletFinder）2022-05-18使用背景 我们一般拿到单细胞矩阵需要做的一个预处理步骤是去双胞，而常用的一个R包是DoubletFinder[https://github.com/chris-mcginni...
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多个10x单细胞对象的合并和批次校正--seurat锚点整合+Harmony练习数据集的GEO编号：GSE139324 (Immune Landscape of Viral- and Carcinogen-Driven Head and Neck C...
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10X单细胞（10X空间转录组）scanpy做多样本整合的智慧（bbknn）hello，大家好，今天我们来回顾一下，不讲新的东西，回顾一下scanpy做10X单细胞（10X空间转录组）多样本整合的方法，这个方法跟Seurat差别比较大，目前引用sca...
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多个单细胞数据集整合方法1. 整合不同数据集中同一类细胞方法： 该方法来自一篇21年5月份的Nature：Cross-tissue organization of the fibroblast li...
