R刚入门的时候，能够正确读取单个文件就觉得小有成就，随着时间的积累，单一文件地读取已经不能满足需求了，此时，批量地做就是解放双手地过程。 使用for循环把下载地TCG...
发简信
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【R语言】批量读取某路径下文件内容
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Kaplan-Meier生存分析的结果解读和绘制方法1. Kaplan-Meier生存分析 Kaplan Meier是一种单因素生存分析，它可用于研究1个因素对于生存时间的影响。参考：生存分析之Kaplan-Meier曲线都告...
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R循环追加数据到数据框
list转化为data.frame 在数据处理过程中会遇到各式各样的要求，格式转换、数据结构重构等需求可以说是家常便饭了，所以R语言本身也提供了很多数据格式转换的函数或者...
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@LZY_c906 可以
STAR 2-pass, picard 到gatk的使用
!!!对 RNA-seq 产出的数据进行变异检测分析，与常规重测序的主要区别就在序列比对这一步，因为 RNA-seq 的数据是来自转录本的，比对到参考基因组需要跨越转录剪切位...
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A4: 蛋白质组搜库--安装，建库，搜库，整合，分析
搜库前准备 搜库前应重装系统，清空不必要的东西，可在服务器A4, A5重装win7 PE版本（自带U深度PE装机工具）;安装完后需要激活一下win7 安装，均在A4服务器的C...
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一只健忘猪
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Gfold安装:Error while loading shared libraries: libgsl.so.0: cannot object file: No such fileopen s...
conda 下安装gfold 解决： gfold 依赖于gsl库，先确认好已安装好gsl相关软件，which gsl查找一下； 查找到已安装过gsl, ln -s软连接到co...
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WGD（全基因组复制）分析——Ka/Ks及4Dtv值计算一、4Dtv（四倍简并位点颠换率）的定义 4DTV stands for four-fold synonymous (degenerative) third-codon tr...
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GATK DepthOfCoverage 太慢DepthOfCoverage会输出7个文本结果。其中一个是按照interval上的每个碱基，输出一行统计信息，所以会比较慢： .DepthOfCoverage.txt结果 ...
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GenVisR 基因组数据可视化实战(二)上一篇讲了GenVisR 基因组数据可视化实战 (一)[https://www.jianshu.com/p/bb695b053246]是GenVisR画waterfall 图...
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2018-09-24 wes流程文件解读2
上次我们整理到bwa比对后得到bam文件，下一步我们要通过GATK流程从bam文件中call variant。一、使用GATK前须知事项： 对GATK的测试主要使用的是人类全...
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@橡树_f3d2 跟着我写的先走一遍
snpEff注释vcf前构建库的Error ：CDS check file cds.fa' not found. Protein check file not found. Database c...
conda activate java12 #进入还有java高版本的conda所属环境snpEff #启动 snpEff 构建小鼠的数据库 先进入 snpeff-5.1-1...
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MSKCC Research Associate<br>别赶不上野心，又辜负了努力
