NMF算法简介 非负矩阵分解(Non-negative Matrix Factorization, NMF)的思想可以描述为，对于任意给定的一个非负矩阵V，NMF算法能够找到...
发简信
IP属地：河北
-
非负矩阵分解（NMF）应用于scRNAseq的细胞分群 -
细胞类型重复性验证----MetaNeighbor（1）单细胞转录组的出现加快了细胞类型多样性的研究，以及一些稀有细胞类型的发现。但是，细胞类型的注释则因为不同数据集以及不同分析方法的原因差异较大。如何来验证细胞类型注释的真伪，以...
-
limma 包的normalizeBetweenArrays和其他数据矫正方法原文链接：https://my.oschina.net/u/4503882/blog/4511789[https://my.oschina.net/u/4503882/blo...
-
scRNAseq || 堆叠小提琴图(StackedVlnPlot)的4种实现方式最近一直在学习单细胞方面的知识，无意中看到别人的帖子在分享如何画堆叠的小提琴图(StackedVlnPlot)，顺便就学习了一下。发现StackedVlnPlot图确实看...
-
tidydr | 一行代码搞定小坐标系日常瞎掰 scRNA-seq数据聚类后会使用UMAP或者TSNE图来展示细胞分群结果。对于画这类降维图，Seuart包就可以轻松实现。不过，好像大家并不满足于Seuart...
-
CITE-seq：同时测细胞表面蛋白和RNA的单细胞测序单细胞测序方法和原理系列： 1. 单细胞转录组建库原理：SMART、TargetAmp和10X genomics[https://www.jianshu.com/p/6c5d...
-
R 数据可视化 —— 聚类热图 ComplexHeatmap(二)注释热图注释 前面我们介绍了如何绘制聚类热图，在这一节我们将介绍如何添加注释 热图的注释是聚类热图的重要组成部分，能够将热图的行、列附加信息添加到热图中。 ComplexHeat...
-
Seurat包之导入单细胞数据方式汇总挖掘公共单细胞数据集时，会遇到常见各种单细胞测序数据格式。现总结如下，方便自己日后调用，以创建Seurat对象（1）barcodes.tsv.gz、features.tsv....
-
Seurat 新版教程：分析空间转录组数据随着转录组技术的发展，空间转录组已经正式走向商业化时代，作为单细胞数据分析的工具箱的Seurat与时俱进，也相应地开发了空间转录组分析的一套函数，让我们跟随卑微小王看看Seu...
