40. 网络图绘制 清除当前环境中的变量 设置工作目录 使用igraph包绘制网络图 使用ggraph包绘制网络图 使用networkD3包绘制动态网络图
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R语言可视化（四十）：网络图绘制 -
ROGUE：评估细胞亚群纯度说在前面 我们在前面通过3篇推文介绍了张泽民老师的系列研究成果张泽民老师系列文章解读(一)[https://mp.weixin.qq.com/s?__biz=MzI4MjY5...
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大数据量单细胞数据处理方式
单细胞数据爆发，现在细胞数据随便就是万和百万级别，除了有许多专门开发出来快速处理百万级的工具包（例如Cumulus等）和down sample的思想外，为了减轻个人PC内存有...
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RNA-seq入门实战（六）：GO、KEGG富集分析与enrichplot超全可视化攻略本节概览：1.获取DEG结果的上下调差异基因2.bitr()函数转化基因名为entrez ID3.利用clusterProfiler进行KEGG与GO富集4.用enrichp...
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Seurat 报错记录
bug千千万，改完又忘，忘了又出…… 记录在Seurat分析中各种各样的花式bug们 1. FindVariableFeatures()报错 这个是RNA这个assays下面...
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【基因组学】使用IGV可视化查看基因组重测序比对结果写在前面IGV能够将基因组的变异情况可视化，因此广泛应用于基因组学的研究中。下面我以windows下的IGV为例，介绍一下IGV在查看基因组变异方面的应用。 一.下载 下载链...
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比对软件STAR的使用
在之前的学习和练习里，比对这一步我使用过bowtie2（DNA比对）和hisat2（RNA-seq比对），现在学习另一个很火的软件：STAR。STAR能够发现非典型拼接和嵌合...
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03 从reads到表达矩阵3.1 参考基因组及其注释 Genome Biology | 最细RNA-seq数据分析名词[https://zhuanlan.zhihu.com/p/609523917] ...
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nature级别图表：一个注释气泡热图函数（适用于单细胞及普通数据）之前我们写过一个函数，主要是展示单细胞比例图（nature级别图表：单细胞转录组细胞比例统计可视化函数[http://mp.weixin.qq.com/s?__biz=Mzg...
