大家好，上一期介绍了GWAS的基本原理，中间提到了基因型数据。基因型数据的获取方式有很多，例如基因芯片、简化基因组测序、全基因组重测序等。在人类中通过基因芯片获取的测序数据往...
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GWAS基因型文件介绍——VCF文件
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LDdecay（连锁不平衡检测）
1 安装PopLDdecay，优点：方便不需要转换格式（plink需要） ## 下载 git clone https://github.com/BGI-shenzhen/Po...
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Haploview软件使用-连锁不平衡分析
当位于某一座位的特定等位基因与另一座位的某一等位基因同时出现的概率大于群体中因随机分布的两个等位基因同时出现的概率时，就称这两个座位处于连锁不平衡的状态。目前，连锁不平衡分析...
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2020-01-10 分析SNP位点：连锁不平衡-可视化R包LDheatmap参考学习资料：https://cran.r-project.org/web/packages/LDheatmap/LDheatmap.pdf 二代测序得到的那些SNP，有些是...
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GWAS笔记2-连锁不平衡LD连锁不平衡（linkage disequilibrium）是进化生物学与人类遗传学中一个十分重要的概念，因为遗传过程中很多因素能够影响它，而它又会作用于很多因素，包括选择，重...
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连锁不平衡以及连锁不平衡衰减[连锁不平衡粗俗的说就是：这几个基因耍流氓，喜欢抱团遗传，不再随机。而连锁不平衡衰减是指在基因组上，随着物理距离的增大，两个连锁的的等位基因的连锁程度不断减小。] LD衰减图...
