日常瞎掰 对于ChIP-seq、ATAC-seq等这样捕获基因组富集区域(即分析结果中peak)的技术，大家多多少少应该有所耳闻。在分析这类测序数据的时候，必不可少的步骤...
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ChIPseeker绘图函数借用
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三代转录组系列：使用Cogent重建基因组编码区尽管目前已测序的物种已经很多了，但是对于一些动辄几个G的复杂基因组，还没有某个课题组有那么大的经费去测序，所以仍旧缺少高质量的完整基因组，那么这个时候一个高质量的转录组还是能...
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我的GWAS学习笔记上个月中旬，出于对GWAS的好奇，我参加了一个培训班，之后又花了一周的时间来整理听课笔记，感觉现在对GWAS已经有了一个比较全面的认识。 在call SNP之后，做GWAS之...
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RNA-seq中的那些统计学问题（二）FPKM/RPKM之外的那些标准化方法目录 1. 标准化1.1. House-keeping gene(s)1.2. spike-in1.3. CPM1.4. TCS1.5. Quantile1.6. Media...
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Ensembl和NCBI基因组下载，基因序列下载查看如今大量物种参考基因组数据已被公布，对于科研工作者，可以说是一笔巨大“财富”。那么该如何获取这笔“财富”呢？ 本期将介绍几个相关的数据库，并举例演示如何查找和下载到想要的参考...
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DEseq2
new_rnaCounts 为count文件new_metaMatrix2 为样本分组文件group为new_metaMatrix2 中的一列 在读取数据的过程中，有两点需要...
