复旦大学上海医学院博士在读
IP属地：江西
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单细胞数据处理小细节汇总1. Seurat对象查看当前的Assay 在进行了SCTransform操作后，矩阵默认会变成SCT矩阵，如果不加设置，后续的PCA等操作都是基于SCT矩阵。修改Defau...
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我觉得std应该是标注差，方差的话是不是应该std^2 呢？不知道这样理解对吗？
单细胞降维最佳PC数量选取
筛选标准 1.主成分累积贡献大于90%2.PC本身对方差贡献小于5%3.两个连续PCs之间差异小于0.1% 转载来源： 生信技能树jimmy[https://cloud.te...
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请问大佬，你这里是怎么确定K值的呢？
02.infercnv-区分肿瘤样本中的正常上皮细胞-infercnv结果处理
关于infercnv的输入文件整理和运行参数参考01.infercnv-区分肿瘤样本中的正常上皮细胞-infercnv运行[https://www.jianshu.com/p...
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利用R包TCGAbiolinks进行各种数据下载下载TCGA数据的方法有很多，上一篇介绍了如何用gdc-client批量下载数据，基于网上有很多用TCGAbiolinks包下载数据的教程，所以也想学习一下这个方法。TCGA...
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ggplot2极简入门一、基本思想和语法框架 基本思想：图形分层是关键，图形叠加靠+来实现 基本语法框架如下： 其中，ggplot()+geom_xxx() | stat_xxx()是ggplot...
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@Hayley笔记 救命啊......您没有公众号啥的么？万一简书崩了咋办....
单细胞数据处理小细节汇总
1. Seurat对象查看当前的Assay 在进行了SCTransform操作后，矩阵默认会变成SCT矩阵，如果不加设置，后续的PCA等操作都是基于SCT矩阵。修改Defau...
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你好，请问图片都失效了，有公众号或者其他分享笔记的地方吗？
单细胞数据处理小细节汇总
1. Seurat对象查看当前的Assay 在进行了SCTransform操作后，矩阵默认会变成SCT矩阵，如果不加设置，后续的PCA等操作都是基于SCT矩阵。修改Defau...
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但是10X官方好像认为因为单细胞数据有UMI的处理，所以不需要也不建议使用FPKM来做差异分析。直接用COUNTS就好了？
单细胞数据挖掘(10a)-基于FPKM标准化的单细胞差异分析
本笔记来源于B站@生信技能树-jimmy[https://space.bilibili.com/338686099]；学习视频链接: 「生信技能树」单细胞数据挖掘[https...
