具体改进： 使用了Seurat官网更新的最新标准化方法SCTransform v2，此方法在下游注释中可更佳清晰的分辨细胞亚群。 添加了Harmony算法以对样本间批次效应进...
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新-03.使用SCTransform标准化流程质控降维
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学做NAR图表：ggraph做网络图最近在NAR上看到一篇文章： 原文网络图如下： 我们借此机会，通过ggraph作图解析相关参数。详细注释代码和参数已上传QQ群文件！我做的图如下，有一点问题，但不影响我们对这...
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不好好作图的NCS系列(五)：从这篇Cell学习GSEA的R语言分析及作图
之前我们在讲转录组系列的时候，说过差异基因的功能富集，用的是GO和KEGG分析。但是这远远不够，很多研究者更喜欢使用GSEA，全名是Gene Set Enrichment A...
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Seurat分析Slide-seq空间转录组此教程是使用Seurat分析 Slide-seq v2[https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2020.03.12.989806v1...
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FELLA:代谢组学富集分析软件介绍导读 通路富集分析技术对于理解代谢组学数据背后的潜在生物学意义是非常有用的，它们的目的是根据代谢途径中所包含的先验知识，为受影响的代谢物提供上下游关系。然而，对广义代谢通路的...
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IOBR:一个R包带你走进数据挖掘的殿堂
鉴于前一段时间有小伙伴私聊 Immugent 说生信宝库是不是专门只写单细胞相关的推文呀，其实，这只是凑巧最近发的都是单细胞相关的。虽然近几年产生了大量的单细胞数据，但bul...
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什么是染色质可及性/开放性测序ATAC-seq,英文全称Assay for Targeting Accessible-Chromatin with high-throughout sequencing，中...
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【R>>clusterProfiler】富集分析神器Y叔的clusterProfiler迎来了4.0版本，并发表在了《The Innovation》杂志上。 1.GO分析 2.KEGG分析 3.Biomedical Gene ...
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Reactome数据库下载Metabolism相关基因列表1.进去Reactome数据库[https://reactome.org/] 然后进去 2.打开下载的pdf可以看到以下内容 往下看可以看到对应的table 从这里可以获取感...
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不常上线，有事可以找@547的小书童呀
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用随机森林算法进一步筛选差异表达基因前言 很多时候，我们分析完差异表达基因后，发现会得到一大堆差异基因，常见的做法有降低Pvalue的阈值，挑选fold-change最大的基因，做通路富集然后挑重要通路上的基因...
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Therapeutic Target Database(TTD) 靶点数据库1、TTD数据库简介 首先关于靶点的生物学定义是： 生物学靶点（英語：Biological target）是指位于生物体内，能够被其他物质（配体、药物等）识别或结合的结构。常...
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WHO CNS 5 更新要点-分子分型
杀杀WHO CNS 5根据能够进行基因变化（如 IDH ）对肿瘤进行分组；通过例如 MAPK 通路改变进行致癌的关联；通过组织学和组织遗传学的相似性，使用分子特征来定义新的类...
