最近被要求更新一下NT数据库，然后踩了好多坑，想记录下来，避免以后再犯。 首先去官网上直接下载nt.fasta（wget -c ftp://ftp.ncbi.nlm.nih....
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更新NT数据库的二三事 -
braker2注释流程
一： 软件安装 由于BRAKER2: 依赖AUGUSTUS 3.3, GeneMark-EX 4.33, BAMTOOLS 2.5.1, NCBI BLAST+ 2.2.31...
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SnpEff：vcf注释软件安装及应用需要准备的内容: 环境：Linux 或 Ubuntu，已经安装openjdk 文件：通过 GATK 流程得到的变异或者 VCF 格式的文件 参考文件：对应基因组版本的 gff...
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群体进化选择消除分析要做选择性消除分析，首先就要把如下的理论记住熟记于心。 中性进化假说： 分子水平上，生物的演化或物种的进化并不是自然选择引起的，而是由中性/近中性的突变等位基因经过遗传漂变引...
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SNP calling及fst值的计算此处与云养江停的文章有略微差距 一.SNP calling 参照文章gvcf文件与vcf文件 - 简书 (jianshu.com)[https://www.jianshu.c...
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使用vcftools计算 π 和 Fst 时的报错
命令如下： 报错如下： 查找出现警告的原因： 找到的答案是：vcftools不知道如何处理Description标记内的逗号。 如果在Description中删除该逗号，警告...
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blast与blast+使用（参数、输出文件格式）
一、BLAST+（NCBI发布于2009年） 下载地址：https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+/LATES...
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可以从fasta中提取基因序列的4款软件
前言 做生分析有时候需要从基因组fasta文件中提取基因的序列，对于这个需求有不少现成的软件可以来实现，今天来跟大家分享4款可以完成这个需求的软件，废话不多说了，直接来看...
