很久以前，我们在写单细胞分析的时候，就写过GSVA分析了，GSVA分析的全名叫Gene Set Variation Analysis，能够分析基因集/通路的活性程度，具体的原...
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单细胞转录组GSVA分析更新及可视化 -
单细胞转录组之从fastq到counts1 原始数据下载及转换 从GEO下载原始数据需要使用官方工具SRA-tools，安装SRA-tools 1.1 原始数据下载 进入NCBI SRA数据库[https://tr...
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smart-seq2 实践单细胞转录组：smart-seq2 参考资料： Smart-seq2 scRNA小鼠发育学习笔记: https://www.jianshu.com/p/23a8fcb1292...
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结合Seurat批量去双胞（DoubletFinder）2022-05-18使用背景 我们一般拿到单细胞矩阵需要做的一个预处理步骤是去双胞，而常用的一个R包是DoubletFinder[https://github.com/chris-mcginni...
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16S从实验到数据分析最全流程文中会对遇到的问题进行解答，图表部分也做了比较详细的说明，对初学者比较友好，当然知道实验部分会让你对数据如何得来的有一个整体的把握，知其然而知其所以然，分析和解释数据起来会更...
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R 函数笔记 | grep()函数与R语言中的正则表达式
grep()能对向量中特定条件的元素进行查询，默认return为index。grep()语法与grep()大致相似，但默认return为logical。 grep() 代码如...
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plot1cell：优雅的可视化你的单细胞数据简介 plot1cell包提供了多种单细胞数据可视化的高级功能，可以基于Seurat分析结果对象直接进行可视化绘图，主要依赖于Seurat V4，circlize，Compl...
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KO丰度转换为pathway丰度经常会遇到已经有KO-number(代表基因家族信息)在各样品中的丰度，如何转换为level3等级的KEGG pathway(通路)丰度表呢？ 目标如下： 转换为 首先你要通...
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KEGG Module 数据库
具有相同功能的基因被归类到kegg orthology 中，每个KO 代表具体的一个功能。在生命活动中，往往需要多个功能单位共同发挥作用，比如多个蛋白质构成复合体来发挥调控作...
