该叫个什么名字好呢

很久以前，我们在写单细胞分析的时候，就写过GSVA分析了，GSVA分析的全名叫Gene Set Variation Analysis，能够分析基因集/通路的活性程度，具体的原...

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1 原始数据下载及转换 从GEO下载原始数据需要使用官方工具SRA-tools，安装SRA-tools 1.1 原始数据下载 进入NCBI SRA数据库[https://tr...

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单细胞转录组：smart-seq2 参考资料： Smart-seq2 scRNA小鼠发育学习笔记: https://www.jianshu.com/p/23a8fcb1292...

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使用背景 我们一般拿到单细胞矩阵需要做的一个预处理步骤是去双胞，而常用的一个R包是DoubletFinder[https://github.com/chris-mcginni...

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文中会对遇到的问题进行解答，图表部分也做了比较详细的说明，对初学者比较友好，当然知道实验部分会让你对数据如何得来的有一个整体的把握，知其然而知其所以然，分析和解释数据起来会更...

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简介 plot1cell包提供了多种单细胞数据可视化的高级功能，可以基于Seurat分析结果对象直接进行可视化绘图，主要依赖于Seurat V4，circlize，Compl...

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经常会遇到已经有KO-number(代表基因家族信息)在各样品中的丰度，如何转换为level3等级的KEGG pathway(通路)丰度表呢？ 目标如下： 转换为 首先你要通...

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具有相同功能的基因被归类到kegg orthology 中，每个KO 代表具体的一个功能。在生命活动中，往往需要多个功能单位共同发挥作用，比如多个蛋白质构成复合体来发挥调控作...

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适用背景 单细胞转录组调控网络分析是单细胞转录组分析内容的高级分析之一，本文将介绍SCENIC/pySCENIC的流程，具体原理和内容不展开，主要展示代码复现流程。R的SCE...

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其实在前面也提到过Pseudotime分析，拟时间序列分析（Pseudotime分析）是通过构建细胞间的变化轨迹来重塑细胞随着时间的变化过程。从具体的分类分析和复杂程度来说，...

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WGCNA分析基于两个假设：1.相似表达模式的基因可能存在共调控、功能相关或处于同一通路，2.基因网络符合无尺度分布。基于这两点，可以将基因网络根据表达相似性划分为不同的模块...

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一般富集分析都是单个组基因集，但是当有多个数据集的时候，一个一个分析比较麻烦，clusterprofile包可以实现多组分析，这里演示一下。我们使用单细胞数据构建一个例子。 ...

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WGCNA全称weighted gene co-expression network analysis，即加权基因共表达网络分析。它是一种分析多个样本基因表达模式的分析方法，...

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刘小泽写于2020.5.15相信你看到这个问题，可能感觉很简单，不就一个参数的问题吗？下面来看探索（全程是基于pheatmap来做的） 首先构建一个测试数据 然后最简单的热图...

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基因表达差异分析是我们做转录组最关键根本的一步，edgeR+limma是目前最为推荐的方式。本文结合示例数据，将对这个过程进行梳理，让你明白limma包的why，what，h...

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前言 看了这么多期的 circos，都有点乏了，换换口味也是好的。 下面，咱就开始吧。 做生信分析，总是免不了要给基因 ID 和 Symbol 转换来转换去。 方法 一般要进...

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导读 HUMAnN（全称HMP Unified Metabolic Analysis Network）最早由Curtis Huttenhower团队针对HMP项目开发的一款可...

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CellChat 三部曲2：使用CellChat 对多个数据集细胞通讯进行比较分析 加载所需的包[#load-the-required-libraries] 创建目录以保存图...