引言 在过去的十年里，单细胞RNA测序（scRNA-seq）技术彻底改变了我们对复杂生物系统的理解，尤其是在癌症研究领域。癌症作为一种由多种遗传克隆和恶性细胞状态组成的复杂生...
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癌症细胞状态的十年探索：单细胞RNA测序的启示 -
肿瘤免疫新视野：揭秘CXCL13+ T细胞对免疫检查点阻断的响应肿瘤免疫新视野：揭秘CXCL13+ T细胞对免疫检查点阻断的响应 在免疫治疗领域，探索肿瘤反应性T细胞对免疫检查点阻断（ICB）的响应机制一直是研究热点。一篇2022年发表在...
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单细胞之轨迹分析-2：monocle2 原理解读+实操轨迹分析系列： 单细胞之轨迹分析-1：RNA velocity[https://www.jianshu.com/p/ee0f7a8e6a06] 拟时间序列分析（Pseudot...
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Vecyloto.R的安装（碰壁无数次，终于成功）
（文中引用了一些其他作者的教程，如果是不允许转载的请私信告知我，我会立即删除，谢谢）velocyto用于单细胞数据的分析（RNA速率分析）的工具。除了常用的拟时序轨迹分析，R...
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SCENIC/pySCENIC结果可视化 2022-11-08适用背景 之前写了一篇文章介绍四步完成单细胞数据调控网络流程分析[https://www.jianshu.com/p/71ed43163ce1]，但生成的结果没有进行可视化，...
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是的，确实是这个数据集😅
单细胞分析（四）——数据读入
要做单细胞分析，尤其是从公司拿回数据，或者从公共数据库下载的数据，看起来眼花缭乱的分析结果，首先第一步就是要把数据先读入，才能有后续的结果和分析。 数据应该是什么样子 首先需...
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基于剪切速率的拟时序分析单细胞转录组测序 (scRNA-seq)中拟时序分析是很常见的，是用来推断不同的细胞类型间的发育关系，有一类通过RNA速率来推断轨迹的方法，在此介绍一下。 RNA veloc...
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SCTransform：单细胞样本的标准化Seurat从3.0版本引进了SCTransform这个函数用来对数据做标准化，并且这一个函数可以代替三个函数（NormalizeData, ScaleData, FindV...
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环境配置笔记12-解决SeuratData包InstallData()无法安装数据集
近期Seurat官网国内上不去，因此在服务器上也无法使用SeuratData包的InstallData()函数，有以下报错： 因此使用自己的电脑在RStudio中下载数据集，...
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CellRanger走起(四) Cell Ranger流程概览刘小泽写于19.5.7主要看流程，这一篇不涉及真实数据展示 总的来说，Cell Ranger主要的流程有：拆分数据 mkfastq、细胞定量 count、定量组合 aggr、...
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这个计算方式，如果不是两组，也就是不是“control”和“treat”，而是“group1”， “group2”， “group3”， “group4”，是不是不能这样计算了？因为我看这一步“PCR$ddct=PCR$dct-mean(PCR$dct[1:3]) ##∆Ct-对照组Ct均值，即∆∆Ct”中mean(PCR$dct[1:3])是一个定值
R语言处理PCR数据，一步画柱状图、添加显著性标志并实现截断
PCR数据要有三列，一列是组名，一列是内参基因的CT值，一列是目的基因的CT值，计算方法是-2∆∆Ct 法，实现一步出图用的是ggpubr，实现截断则是Y叔出手的ggbrea...
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单细胞分析之细胞交互-3：CellChat常用的细胞通讯软件：CellphoneDB[https://www.jianshu.com/p/38a9376f5286]：是公开的人工校正的，储存受体、配体以及两种相互作用...
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ggplot2编写函数来绘图本节来介绍如何编写函数来进行数据可视化，平时画图时我们经常会发现需要编写许多重复的代码来进行绘图，这样不仅使代码冗余也大大降低了代码的可阅读性，因此掌握如何编写函数来简化代码...
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10X单细胞（10X空间转录组）基因集打分方法汇总
hello，大家好，今天周一，做一个简单的汇总，主要针对基因集打分，无论是单细胞还是空间，基因集打分都很普遍，方法也很多，我们来总结一下。 研究背景 在单细胞转录组测序中，整...
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单细胞数据整合-1：Harmony原理介绍和官网教程目录：1. 原理介绍2. 操作演示3. 关于Harmony操作是否会对差异分析产生影响 1. 原理介绍 官网：https://github.com/immunogenomic...
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单细胞分析（四）——数据读入要做单细胞分析，尤其是从公司拿回数据，或者从公共数据库下载的数据，看起来眼花缭乱的分析结果，首先第一步就是要把数据先读入，才能有后续的结果和分析。 数据应该是什么样子 首先需...
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单细胞分析（三）——细胞分群单独展示使用降维分析图展示marker基因 大部分单细胞分析，以及seurat package这个包给出的示例，也都是某一marker基因在降维分析之后得到位置的表现。例如下图 单细...
个人介绍
Stay Hungry. Stay Foolish
学点R语言，搞点数据挖掘
专注肿瘤研究和学习
ORCID:https://orcid.org/0000-0002-0660-7802
CSDN：https://blog.csdn.net/lijianpeng0302?type=blog 生信小鹏
学点R语言，搞点数据挖掘
专注肿瘤研究和学习
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