R内置基本配色 R自带的grDevices包含有以下调色板： R中色彩相关的函数 使用RColorBrewer包配色 使用colorRampPalette()函数可以扩展颜色...
发简信
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R语言常用配色大全 -
LD连锁不平衡--PopLDdecay在群体遗传学分析中，我们经常会碰到关于连锁不平衡的问题，当然计算连锁不平衡的软件有很多，包括plink2、haploview等，今天在这里给大家分享一个计算连锁不平衡的软件-...
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CellRanger使用学习
本文参考多篇简书教程（请查看本文最后的参考资料） 安装 可查看10xgenomics官网安装教程 下载参考基因组数据 可直接下载10xgenomics官网提供的已构建好的索引...
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环境配置笔记12-解决SeuratData包InstallData()无法安装数据集
近期Seurat官网国内上不去，因此在服务器上也无法使用SeuratData包的InstallData()函数，有以下报错： 因此使用自己的电脑在RStudio中下载数据集，...
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不存在叫‘BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg38’这个名字的程辑包
BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg38是生信技能树TCGA课程中讲到的需要使用的一个R包，所以我装了一个，发现这个包十分不好安装，现记录过程如下，方便后续使用...
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seurat-SCTransform()解析-01satijalabsctransform包的github网址：https://github.com/ChristophH/sctransform[https://github...
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单细胞转录组数据分析||Seurat并行策略随着单细胞技术的成熟，单细胞数据分析往往不再是单个组织样本，这有时候在计算（资源与时间）上是一个挑战。为此，Seurat也提供了可以探索的并行策略。鉴于入门单细胞数据分析的同...
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2021-05-26 单细胞分析之harmony与Seurat参考：生信会客厅 harmony原理 Harmony需要输入低维空间的坐标值（embedding），一般使用PCA的降维结果。Harmony导入PCA的降维数据后，会采用so...
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pySCENIC的转录因子分析及数据可视化（一）
参考生信技能树：pyscenic的转录因子分析结果展示之5种可视化[https://mp.weixin.qq.com/s/SIfyGzx4fwXPtQsVvvwwMQ]、py...
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已经做完GO enrichment,例如david结果, ggplot2可视化有一些已经做完了GO enrichment, 得到了结果，才发现很多软件都是直接给gene list做富集。如果已经完成分析，照样可以画图，代码如下： 原始文件示例：Anno...
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samtools的安装和使用--------------- Nickier 2018-12-21 --------------- samtools是一个用于操作sam和bam文件的工具合集。能够实现二进...
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入门学习day7笔记——阿锐是起始又是结尾的思维导图—— 一、测序过程和原理 测序的世界 - 简书 (jianshu.com)[https://www.jianshu.com/p/101c14c3a1d...
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入门学习day6笔记——阿锐上思维导图—— R包 R包是多个函数的集合，具有详细的说明和示例。 一、安装和加载R包 1.配置国内镜像 你还在每次配置Rstudio的下载镜像吗？ (qq.com)[htt...
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入门学习day5笔记——阿锐·先来点豆豆花花有用的小笔记 （6）表格在R语言中改名叫数据框（7）查看帮助：?read.table，调出对应的帮助文档，翻到example部分研究一下。（8）数据类型（重点...
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入门学习day4笔记——阿锐上思维导图—— R语言入门 一、认识R语言 1.概念 R是一种编程语言，也是统计计算和绘图的环境，它汇集了许多函数，能够提供强大的功能。R语言软件界面简陋，通常不直接使用，而...
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入门学习day3笔记——阿锐上思维导图—— 一、Miniconda——linux的app store 如题，Miniconda确实如同linux的app store，通过整合下载软件安装包，使得不需要每...
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入门学习day2笔记——阿锐linux，我的老伙计！ 上思维导图！ 一、了解linux 前段时间也看了知乎不少攻略，在学校图书馆借了点书基本自学完成了linux入门，个人强推《linux命令行大全》，虽...
