qvalue和p-adjusted不是一回事吧？
生信分析中的p值，q值，padj值和pvalue值pvalue(pval): 统计学差异显著性检验指标。qvalue(p-adjusted): 校正后的p值（qvalue=padj=FDR=Corrected p-Value...
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单细胞分析之细胞交互-3：CellChat常用的细胞通讯软件：CellphoneDB[https://www.jianshu.com/p/38a9376f5286]：是公开的人工校正的，储存受体、配体以及两种相互作用...
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一、从数据库网页查询并下载目标通路包含的所有基因当我们拿到基因表达数据之后，主要使用过表达分析（ORA）和基因集富集分析（GSEA）来探索基因的功能，有的时候还需要挑感兴趣的通路画图（热图、GSEA图之类的），借用Y叔Cl...
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RNA-seq入门实战（七）：GSEA——基因集富集分析本节概览：1.GSEA简单介绍2.创建GSEA分析所需的geneList，包含log2FoldChange和ENTREZID信息3.利用clusterProfiler进行GS...
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Counts FPKM RPKM TPM CPM 的转化
一、什么是RPKM、 FPKM、TPM、CPM RPKM, FPKM and TPM, clearly explained - StatQuest!!
CiteSpace入门教程在科研工作中，我们常常需要面对海量的文献，如何在这些文献当中找出值得精读、细读的关键文献，挖掘学科前沿，找到研究热点就成为了开展研究之前首先需要解决的问题。CiteSpace...
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Flowjo软件安装不在实验室，想分析一下流式的数据真是困难，于是乎决定在自己的电脑上安装一个破解版的Flowjo。百度尝试了各种下载版本，最终发现了一个靠谱的下载地址：Flowjo参考的下载地...
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CIBERSORT 免疫浸润(2023.1.2更新版)目前主流的免疫浸润计算方法是CIBERSORT和ssgsea，今天介绍CIBERSORT。 1.输入数据要什么 下面这段话摘自CIBERSORT的介绍 Importantly...
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Sublime Text 4 激活码和汉化教程
Sublime Text 4 激活码和汉化教程｜软件 2021年5月20日 Sublime Text 4 稳定版终于正式发布了！7月14日 Sublime Text 4 又更...
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ggplot2高效实用指南写在前面 ggplot2 是一个功能强大且灵活的R包 ，由Hadley Wickham 编写，其用于生成优雅的图形。ggplot2中的gg 表示图形语法（Grammar o...
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你的基因名被EXCEL自动转换成数字了吗？
1.充满恶意的Excel自动转换 做基因组学分析时发现，在默认设置下将数据导入Microsoft Excel后，部分基因名会自动转换为日期或浮点1。2016年发表于Genom...
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转录组时间序列数据处理针对转录组数据，平时分析中最常见两组之间的比较，比如不同处理或者不同突变体。面对这样的数据用用 DESeq2 或者 edgeR 基本就差不多。如果样本量或者不同条件很多的话可...
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DESeq2详细用法1.构建DESeq2对象 （1）从SummarizedExperiment对象构建DESeqDataSet对象 se为RangedSummarizedExperiment对象...
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转录组分析——STAR+RSEM+Deseq2STAR+RSEM+Deseq2视频课程链接已经公开, https://www.bilibili.com/video/BV1KJ411p7WN?p=8[https://www...
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2020-01-23 RSEM转录组RNA-seq测序分析实操测序数据的质控和过滤 见上一篇论文 https://www.jianshu.com/p/0a8461b1ea7a 本文涉及到的软件 RSEM软件包 RSEM (RNA-Seq...
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R-Markdown学习与使用简介 markdown是一种纯文本格式的标记语言，只需要简单的标记语言就可将文本格式的内容具有一定的格式。核心是将文字与排版分开，从而将注意力集中于文字本身。但其本质，M...
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相关性分析 Pearson 相关系数 和 Spearman 秩相关系数
分析连续变量之间线性相关程度的强弱，并用适当的统计指标表示出来的过程称为相关分析。本文主要介绍比较常用的 Pearson相关系数、Spearman秩相关系数。这两个相关性系数...
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开发工具总结（5）之Markdown语法图文全面详解及其工具介绍版权声明：本文为博主原创文章(少量文字参考他人博文，已加上引用说明)，未经博主允许不得转载。https://www.jianshu.com/p/c0a2897ad4eb 转载...
