准备 1.基因组序列下载与注释，使用prokka进行注释，获得gff文件。参考我前一篇：autoprokka:使用prokka批量注释 - 简书 (jianshu.com)[...
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利用泛基因组挖掘目标细菌的靶标基因-Roary,gbksplit和TBtools -
MetaPhlAn4 Meta taxonGithub: https://github.com/biobakery/MetaPhlAn/wiki/MetaPhlAn-4[https://github.com/biob...
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Eggnog-mapper（2.1.7）使用记录文章仅是记录自己的学习使用，有错误请指出，我立刻改正！ 官方说明：https://github.com/eggnogdb/eggnog-mapper/wiki/eggNOG-...
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CRISPR/Spacer/Cas有关预测方法：集锦规律间隔成簇短回文重复序列 (Clustered regularly interspaced short palindromic repeats, CRISPR)是细菌，古菌...
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转录组DEGs聚类热图和功能富集分析写在前面：经常做转录组分析，就是把差异基因搞个火山图和Venn图看各组差异基因的共有和特有情况。看见有个比较好的选择，能直观比较各种处理带来的影响，如下： 来自Nature ...
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比较基因组学在细菌基因组中的应用
更多案例分享： 基因组测序在细菌基因组中的应用[https://link.zhihu.com/?target=https%3A//mp.weixin.qq.com/s/R4u...
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移动遗传元件常用分析数据库（转载）移动遗传元件 (Mobile genetic elements, MGEs) 如质粒、噬菌体[https://www.biomart.cn/supply/1001013206...
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PlasFlow预测质粒标题：PlasFlow: predicting plasmid sequences in metagenomic data using genome signatures[h...
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核心基因提取：prokka、roary和TBtools的联合运用首先，下载好基因组的完成图（自己的也行，只要确保测序质量够好），先用prokka注释完获得*.gff文件（批量可以参考我之前的文章用autoprokka执行），将gff文件放...
