作者，Evil Genius 单细胞空间外显子课程这周第四课就结束了，感兴趣的可以联系。 今日参考文献 从多样本空间转录组学(ST)数据中检测和解剖异常组织结构域(DDATD...
发简信
IP属地：北京
-
多样本空间转录组分析异常组织结构域 -
单细胞空间多组学分析中的外显子分析部分作者，Evil Genius 之前分享了很多关于多组学的内容了，其中涉及到外显子的部分分析呢，我基本都一笔带过了，很多高分文章都运用到了外显子突变类的信息分析，以下为文章示例...
-
全外显子组测序（WES）分析2: SigProfiler（突变特征分析）SigProfiler 提供一套全面、集成的生物信息学工具，用于执行突变特征分析。该软件涵盖了从生成突变矩阵到特征提取的整个分析生命周期，以及绘图和模拟支持功能。 1. Si...
-
10X单细胞、空间、WES测序分析揭示肿瘤微环境进化区域异质性作者，Evil Genius 科研和临床其实有很多共同的地方，大家都知道多组学是方向，目前单细胞转录组、ATAC、VDJ、空间转录组、空转VDJ、宏基因组、外显子等几个方向...
-
为小鼠(GRCm38) 构建 GATK resource bundle前提：众所周知，GATK 为人提供了 一些 boundle resource ，但是没有提供小鼠的资源。比如dbsnp， indel，这些都是需要自己准备的。而在跑BaseR...
-
课前准备----空间转录组微生物检测与分析作者，Evil Genius 参考文章Effect of the intratumoral microbiota onspatial and cellular heterog...
-
GTF处理脚本 - GTFtoolsGTFtools：一个灵活而强大的GTF文件处理工具 GTFtools是一款用Python编写的命令行工具，专门用于处理基因转录格式（GTF）文件。GTF文件是一种用于描述基...
-
单细胞笔记9-scATAC-seq测序方法和数据分析
引言 转坐酶（Transpose）检测染色质开放性（Accessibility）结合高通量测序（Assay for Transposase-Accessible Chroma...
-
什么是大型语言模型 ？引言 在本文[https://medium.com/@waylandzhang/what-is-large-language-model-llms-zero-to-hero-...
-
单细胞笔记11-scATAC-seq上游数据处理一直以来都不是太清楚scATAC-seq中fragments文件、peak calling，以及counts矩阵的关系，本文就来梳理一下scATAC-seq的上游数据处理中的...
-
【图结构】之图注意力网络GAT详解以及GAT的推广部分内容转载自：https://blog.csdn.net/qq_41995574/article/details/99931294[https://blog.csdn.ne...
-
10X单细胞（10X空间转录组）通讯分析之总结Nichenet生态位通讯比较分析作者，追风少年i 系统总结nichenet多条件通讯差异分析 nichenet的原理大家可以参考文章10X单细胞（10X空间转录组）通讯分析之NicheNet[http://...
-
空间转录组数据分析之空间轨迹（Spatial tendency）作者，Evil Genius 今天2024年5月21日，凌晨，也就是昨晚，又一个鲜活的生命在太原从桥上跳下。 往事不堪回首 今天我们来学习空间轨迹 空间轨迹包括空间基因轨迹和...
-
一文看懂病原微生物检测（下篇）
作者：biofan审稿：童蒙编辑：amethyst 继一文看懂病原微生物检测（上篇）[http://mp.weixin.qq.com/s?__biz=MzA3MjM5NTE4...
-
单细胞空间宏基因组揭秘微生物群对癌症空间和细胞异质性的作用2作者，Evil Genius 阳了个阳，出门在外，注意保护自己。 本篇参考文章Effect of the intratumoral microbiota on spatial...
-
2024空间转录组分析方向和文献分享作者，Evil Genius~~ 这一篇我们来汇总一下最新的空间转录组的分析思路，这些方面目前都是‘荒漠’，是机遇，更是机会。 空间转录组的运用方向：转录、蛋白 ST需要解决...
-
从头开始构建 Transformer: 注意力机制引言 Transformer 模型已经遍布各个领域，它们构成了像 ChatGPT 这样的当代语言模型的核心。这些模型还协助了如 Stable Diffusion 和 Dall...
-
Roadmap paper解读Integrative analysis of 111 reference human epigenomes 因为我的描述都是基于我自己的理解，不一定正确，所以我的习惯是解析...
