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一、SNP预处理必备小知识：PLINK是一种广泛使用的生物信息学工具，它支持多种文件格式来存储和处理遗传数据。PLINK的文件格式主要分为两类：文本格式和二进制格式。 文本格...

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GO富集 KEGG

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样本相关性 PCA 火山图 火山图带标签

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软件DESeq2在R语言中运行 软件EdgeR

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1.下载数据 （Aspera下载老是断开，用prefetch下载也不慢） 1.1 ncbi找到SRR 号1.2 创建SRR_ACC_LIST.txt 一行一个SRR号1.3 ...

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请问Y轴是表型数据吗？怎么得到不同个体的某个位点的基因型呢？

2024-03-29基因型分布画出箱线图标注显著性

GWAS分析后，显著性的SNP，我们想把不同的分型在群体里面的表型进行可视化，现在最流行的方法是箱线图+散点图+显著性标识，类似的图片如下： 上面A、B、C是三种基因型，比如...

麦冬花儿

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一、测序数据的准备 新建工作目录，GATK-analysis 新建data文件夹；mkdir data 1.1 公司返回的测序下机数据 例如：6个NGS测序样本；Raw da...