@开心果_a8df 请问怎么解决呀？
GREAT网页版学习笔记（预测顺式调控元件）参考文章：1.使用GREAT对peak进行功能注释2.用网页版工具GREAT来对CHIP-seq的peaks进行下游功能分析 前几天老板心血来潮，在视频里教给我一个软件的使用...
发简信
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转换p-adjust
P值、Q值和P值调整（P-adjust）是统计学中用于量化统计显著性和进行假设测试校正的三个相关但不同的概念。了解它们之间的区别对于正确解释统计分析结果非常重要。 P值 (P...
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进化背景下的人类加速区域和其他人类特异性序列变异及其与大脑发育的相关性
该篇文献是2018年发表的综述，详细整理了加速进化区的概念、研究历程、目前的研究成果。虽然是比较早的文献，但是可作为了解加速进化区的良好工具。 该领域关注的问题：智人作为智人...
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LTR组装指数（LAI）评估基因组基因组组装完成后，可通过查看contig的N50或者BUSCO，以及LAI评估组装质量。本文就LAI方法做一简单介绍。 基因组中的重复序列大体分为两类： 串联重复（Tande...
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2022-06-10关于基因组LAI评估的几点思考
1. LTR鉴定和LAI评估（> 5G基因组） 1）需要同时利用LTR_Finder和LTR_harvest同时鉴定，但是这两个都是单线程，巨慢，尤其是LTR_Finder。...
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【生信学习记录】合并vcf文件
参考出处https://www.jianshu.com/p/1f5c2cfe20d5 合并个体的snp的vcf文件 1.建立索引文件： tabix -p vcf *.vcf....
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滑窗统计基因组的一些特征值比如基因密度和GC含量1.划分窗口bedtools makewindows -g Chr.length -w 50000 > 50k.windows 2.计算每个滑窗内基因的数量 #同理可以...
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生信 | 基因组组装实战（六）：基因组质量、一致性、保守性、LAI等评估写在前面 以下内容均来自我在菲沙基因（Frasergen[http://www.frasergen.com/]）暑期生信培训班上记录的课堂笔记 1.基因组组装指标评估 为什么...
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busco软件使用详解BUSCO[https://busco.ezlab.org] - 组装质量评估软件 BUSCO - Benchmarking Universal Single-Copy Or...
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请问拓扑结构文件怎么写的，可以详细说说吗
用qpGraph估计群体混合程度
混合图(admixture graph)的一般方法是基于等位基因频率，通过系统树重建不同群体之间的遗传关系，从而允许添加混合事件。该方法在定义的拓扑结构上运行，并与测试组的预...
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利用R语言作PPI（免String网页和安装cytoscape法）原创来自https://mp.weixin.qq.com/s/xw-x_r9yq6Iiw-4LwyKvWw，本人稍作修改，原文是针对小鼠，现改为人类当得到差异基因后，很多时候...
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【动植物研究动态】2022年1-3月收藏的文献
微信收藏夹中的文献解读，只整理出今年2022年已收藏的部分文献，之前的太多，不列了。后续计划每周更一次，自己会看得更认真点，解读更详细些。 Nature Genetics |...
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awk基本用法 、 awk应用案例 、 综合脚本
链接[https://tts.tmooc.cn/ttsPage/LINUX/NSDTN202012/SHELL/DAY05/COURSE/ppt.html] 一，sed其他指...
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群体遗传学习笔记-基础知识
群体遗传学介绍 传统群体遗传学是基于观察到的等位基因频率与预期频率的分析。例如，在Wright-Fisher模型下，你可能会看到有性繁殖的二倍体个体群体，而且这些种群没有重叠...
