常用的细胞通讯软件：CellphoneDB[https://www.jianshu.com/p/38a9376f5286]：是公开的人工校正的，储存受体、配体以及两种相互作用...
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单细胞分析之细胞交互-3：CellChat -
细胞通讯分析【二】——CellChat分析结果可视化本期内容同步发布于单细胞天地微信公众号。 回顾——细胞通讯网络构建 前面的帖子中我们已经成功地进行了细胞间通讯网络的构建，总的来看借助下面简易的分析流程即可完成： 今天继续介...
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资料分享:KEGG通路分类表 附下载地址KEGG通路数据库将通路分成了7个大类，即代谢、遗传信息处理、环境信息处理、细胞过程、有机体系统、人类疾病、药物开发。见下图： [图片上传中...(image-45c15f-...
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【KEGG-1】KEGG数据库
欢迎关注公众号oddxix KEGG 简介 KEGG全称: Kyoto Encyclopedia of Genes and GenomesKEGG是一个整合了基因组、化学和系...
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医学术语中的panel到底是什么意思
1. 没有中文翻译的panel 翻译医学文件，遇到了panel这个词。去查背景资料，简直大吃一惊：panel这个词竟然直接当中文用了，如下图： 那么问题来了，panel作为一...
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引起相变的无序结构域（IDRs）怎么预测？跟踪热点，提升文章档次！蛋白研究过程中，一般认为氨基酸的序列决定了蛋白的结构，结构决定功能（一般指蛋白的三维结构）。然而，近50年的研究中，有一种没有特定三维结构的蛋白不断被研究人员发现，由于这类蛋...
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GEO数据分析中exprs提取表达矩阵，pData提取临床信息
关于用getGEO下载数据后，会得到一个list，取出第一个列表中的元素后，再查看这第一个元素的数据类型后，发现他是一个对象（"ExpressionSet"），然后我们就会用...
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msigdbr 包提供多个物种的MSigDB数据
富集分析是一种大家常用分析方法；msigdb数据库中有定义好的基因集，但其中绝大多数数据都是人类的；老鼠和其它物种的基因集有的，但是比较少，无法满足大众的需求。msigdbr...
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GSEA和GSVA，再也不用去下载gmt文件咯前言 我是在y蜀黍的书里(搜索clusterProfiler book 即可找到)看到了一个叫msigdbr的包，就是把MsigDB的那些基因集合都R语言化了。那么以后想做G...
