常用的细胞通讯软件：CellphoneDB[https://www.jianshu.com/p/38a9376f5286]：是公开的人工校正的，储存受体、配体以及两种相互作用...
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单细胞分析之细胞交互-3：CellChat -
细胞通讯分析【二】——CellChat分析结果可视化本期内容同步发布于单细胞天地微信公众号。 回顾——细胞通讯网络构建 前面的帖子中我们已经成功地进行了细胞间通讯网络的构建，总的来看借助下面简易的分析流程即可完成： 今天继续介...
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感谢！！我试了好久都没办法自己转换出这个表
资料分享:KEGG通路分类表 附下载地址
KEGG通路数据库将通路分成了7个大类，即代谢、遗传信息处理、环境信息处理、细胞过程、有机体系统、人类疾病、药物开发。见下图： [图片上传中...(image-45c15f-...
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资料分享:KEGG通路分类表 附下载地址KEGG通路数据库将通路分成了7个大类，即代谢、遗传信息处理、环境信息处理、细胞过程、有机体系统、人类疾病、药物开发。见下图： [图片上传中...(image-45c15f-...
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【KEGG-1】KEGG数据库
欢迎关注公众号oddxix KEGG 简介 KEGG全称: Kyoto Encyclopedia of Genes and GenomesKEGG是一个整合了基因组、化学和系...
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# convert 1x10^ or 1.000x10^ -> 10^
l <- gsub("\\'1[\\.0]*\\'\\%\\*\\%", "", l)
注意这一句的设置哈小技巧8-坐标轴数字改为10的N次方-ggplot2
坐标轴的数字特别大，很多0，又不想改成log10的显示方式时，可以改为10的N次方。 注：此方法基础代码来源于：https://groups.google.com/g/ggp...
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医学术语中的panel到底是什么意思
1. 没有中文翻译的panel 翻译医学文件，遇到了panel这个词。去查背景资料，简直大吃一惊：panel这个词竟然直接当中文用了，如下图： 那么问题来了，panel作为一...
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引起相变的无序结构域（IDRs）怎么预测？跟踪热点，提升文章档次！蛋白研究过程中，一般认为氨基酸的序列决定了蛋白的结构，结构决定功能（一般指蛋白的三维结构）。然而，近50年的研究中，有一种没有特定三维结构的蛋白不断被研究人员发现，由于这类蛋...
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生信数据库ID大总结&ID转换方法
首先介绍下各个ID的转换，比较便捷的有： 1.在线的：Uniprot ： ID mapping 工具，可以批量转换和下载https://www.uniprot.org/id-...
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GEO数据分析中exprs提取表达矩阵，pData提取临床信息
关于用getGEO下载数据后，会得到一个list，取出第一个列表中的元素后，再查看这第一个元素的数据类型后，发现他是一个对象（"ExpressionSet"），然后我们就会用...
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msigdbr 包提供多个物种的MSigDB数据
富集分析是一种大家常用分析方法；msigdb数据库中有定义好的基因集，但其中绝大多数数据都是人类的；老鼠和其它物种的基因集有的，但是比较少，无法满足大众的需求。msigdbr...
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GSEA和GSVA，再也不用去下载gmt文件咯前言 我是在y蜀黍的书里(搜索clusterProfiler book 即可找到)看到了一个叫msigdbr的包，就是把MsigDB的那些基因集合都R语言化了。那么以后想做G...
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小技巧9-ggpolt 横坐标文本倾斜角度调整ggplot的横坐标轴标签可以倾斜，不做赘述： 但是！！不好看！45°的倾斜的角度有点过头，位置上text和sticks离得太远。 经过调整和摸索，倾斜角度和位置调成这样更好...
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小技巧8-坐标轴数字改为10的N次方-ggplot2坐标轴的数字特别大，很多0，又不想改成log10的显示方式时，可以改为10的N次方。 注：此方法基础代码来源于：https://groups.google.com/g/ggp...
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小技巧7-作图时自定义各组排列顺序ggplot2在作图时，各组的排列顺序总是默认按照首字母顺序排列，如下图。但实际上，实验数据在展示时一般应对照组在左，实验组在右。 所以需要在载入数据后，对分组数据的排列顺序...
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使用python处理生物信息数据（八）
Python学习的第八天，主要学习文本挖掘和模式匹配。 生物信息大多数问题都是核酸或氨基酸序列的比对和寻找motif，利用正则表达式显得十分重要。比如一条核酸或氨基酸序列，你...
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小技巧6-某列重复项对应的所有行合并（不做删除）
有时会遇到类似上图的情况，进行了一系列的筛选后，一条肽段对应着不同基因名，如下： 此时希望可以 ： 实现上述需求的代码如下： 首先，是一个对数据重复情况的概览，这一块可选做（...
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python浮点数精度问题原因如下： 出现上面的情况，主要还是因浮点数在计算机中实际是以二进制保存的，有些数不精确。 比如说: 0.1是十进制，转化为二进制后它是个无限循环的数： 0.00011001...
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【R<-练习】双因子方差分析对于两因素的方差分析, 基本思想和方法与单因素的方差分析相似, 前提 条件仍然是要满足独立、正态、方差齐性. 所不同的是在双因素方差分析中, 有时会出现交互作用, 即二因素的...
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生物学研究中常见的统计检验方法(二：Wilcoxon test)
上一篇我简单整理了t-test的用法和注意事项 （我们主要讲两个独立随机样本的t-test）。我们再回顾一下，t-test是参数统计检验方法，其应用的假设前提是检测变量的值服...
