刘小泽写于2020.8.5今天跟着官方文档来看看GRanges这个对象 1 前言 内容来自：https://bioconductor.org/packages/release...
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跟着官方文档来看看GRanges这个对象 -
ArchR官网教程学习笔记1：Getting Started with ArchR前面的学习笔记里，对于scATAC-seq的分析，使用的是signac R包进行的。前几天在一次偶然的机会里，有幸和一个专门做生信的老外聊了聊（纽约某校的PI），从他那里听说...
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BSgenome 构建自己的参考基因组1. 目的 最近在某个分析的时候，需要BSgenome object，然而我的物种不是常见的物种，是自己组装出来的多倍体物种，因此没法用已有的BSgenome参考基因组，...
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10X单细胞（10X空间转录组）数据分析之细胞过滤那些事hello，大家好，今天已经是五一假期的第二天，本人呢，哪也去不了，只好在家歇着，所以呢，给自己找点事做，本人93年，单身，现居天津武清，女孩子有没有想谈恋爱了，可以联系我，...
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seurat-ScaleData()源码解析一、ScaleData()简介 单细胞基因表达counts矩阵数据经过NormalizeData()归一化处理后，还需要进行scale标准化。ScaleData()[http...
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使用htseq-count进行定量分析和featurecounts一样，htseq-count也是一款进行raw count定量的软件。该软件采用python语言进行开发，集成在HTseq这个包中。 对于pyth...
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FindVariableFeatures
单细胞文章层出不重，但是数据格式不统一，卡卡在重现大量文章数据的时候发现，有的文章提供的是处理后的单细胞矩阵，而不是原始counts，甚至有的文章提供的数据是scaled...
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系统发育常见软件与在线工具合集
本篇文章是为了记录本人在系统发育实验和数据分析过程中，所使用过的以及部分未使用但如雷贯耳的软件的集合。当然，相对于整个系统发育软件之汪洋大海，此处不过一滴水！ 1. 数据获取...
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IQ-TREE的使用 - 超快速用极大似然法构建进化树
写在前面 我知道IQ-tree已经有很长一段时间了。不过我一直并没有使用它。主要原因是，常用的快速构建ML树的软件是FastTree，如果要求准确，我会在服务器上使用RaxM...
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统计 | 结合clusterProfiler理解GO富集分析OrgDb库 enrichGO默认gene type是entrezID，但其他OrgDb支持的类型（ENSEMBLE，SYMBOL等）都可以通过参数keyType指定。 ge...
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测序数据质控和预处理之fastp
1. 引言 下机的FASTQ数据通常需要进行质控和预处理，以保证下游分析输的准确性。fastp软件仅扫描数据文件一次，就可以完成FASTQC + cutadapt + T...
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「基因组学」使用OrthoFinder进行直系同源基因分析谈论到直系同源基因分析的时候，大部分教程都是介绍OrthoMCL，这是2003年发表的一个工具，目前的引用次数已经达到了3000多，但这个软件似乎在2013年之后就不在更新，...
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Mash: 使用MinHash快速估算基因距离
工具介绍 Mash扩展了MinHash降维技术，使其成对的突变距离和P值显着性检验，从而可以有效地聚类和搜索大量序列集合。混搭将大序列和序列集还原为较小的代表性草图，进而可以...
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所以2025年了，数学功底加强了吗😜
计算分子进化-搞懂PAML的正选择分析
许多基因组的文章里都会提到使用PAML进行基因的正选择分析(positive selection), 网上也有一些教程介绍如何用PAML进行分析。无论是文章，还是教程，大多只...
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Mouse Genome Informatics（MGI）：小鼠基因组信息数据库MGIMouse Genome Informatics（MGI） 网址： http://www.informatics.jax.org/[http://www.informatic...
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日常搬砖
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走向基因组3D世界 ——染色体构想捕获技术3C(chromosome conformation capture)
在过去10年中，染色体构象捕获（chromosome conformation capture 3C）技术及其该技术的拓展技术(4C,5C,Hi-C,ChIA-PET)，使人...
