谈论到直系同源基因分析的时候，大部分教程都是介绍OrthoMCL，这是2003年发表的一个工具，目前的引用次数已经达到了3000多，但这个软件似乎在2013年之后就不在更新，...
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「基因组学」使用OrthoFinder进行直系同源基因分析 -
Mash: 使用MinHash快速估算基因距离
工具介绍 Mash扩展了MinHash降维技术，使其成对的突变距离和P值显着性检验，从而可以有效地聚类和搜索大量序列集合。混搭将大序列和序列集还原为较小的代表性草图，进而可以...
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所以2025年了，数学功底加强了吗😜
计算分子进化-搞懂PAML的正选择分析
许多基因组的文章里都会提到使用PAML进行基因的正选择分析(positive selection), 网上也有一些教程介绍如何用PAML进行分析。无论是文章，还是教程，大多只...
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Mouse Genome Informatics（MGI）：小鼠基因组信息数据库MGIMouse Genome Informatics（MGI） 网址： http://www.informatics.jax.org/[http://www.informatic...
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日常搬砖
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走向基因组3D世界 ——染色体构想捕获技术3C(chromosome conformation capture)
在过去10年中，染色体构象捕获（chromosome conformation capture 3C）技术及其该技术的拓展技术(4C,5C,Hi-C,ChIA-PET)，使人...
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NCBI SRA数据库使用详解本文转自生信人https://www.shengxin.ren/article/16 1、简介 SRA（Sequence ReadArchive）数据库是用于存储二代测序的原...
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这是2007年的软件，最近发表的rMATS用过吗？
二代转录组可变剪切(AS)分析
1.背景知识 1.1什么是可变剪切 可变剪切（differential splicing）也叫做选择性剪切alternative splicing, 指的是在mRNA前体到成...
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2024-02-22 word中复制的图片无法显示的问题
最近在写论文，这个问题记录一下复制图片进WORD后，图片显示不出来_百度知道 (baidu.com)[https://zhidao.baidu.com/question/99...
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为什么看很多要加 --chrom-map 和 chr-set
VCF 生成 plink 输入文件（ped和map）
使用工具 vcftools map文件 有四列，分别为 第一列：染色体编号为数字, 未知为0 第二列：SNP名称为字符或数字, 如果不重要, 可以从1编号, 注意要和ped文...
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2023-11-20 |关于bam文件jiedu第二列：map状态第五列：map评分，越高，对应参考的位置越准第六列：map情况 是M（match）还是I（insert）还是D（deletion）或者其他第七列：双端测序的...
