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「基因组」基因组共线性之Mummer -
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基于orthofinder 结果构建物种树
串联法 orthofinder 已经生成好单拷贝基因串联的序列，可以直接使用。找到orthofinder 已经生成好单拷贝基因串联的序列，SpeciesTreeAlignme...
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【转录组学】如何进行一步到位的fastq到差异分析，kallisto拯救你(一)传统转录组的分析想必大家已经非常熟悉，无非是质控 -> 比对 -> 组装 ->定量 -> 差异分析 -> 差异表达基因功能富集分析这个套路。目前公司用的流程主要也有两个门派，...
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ASE（等位基因特异性表达） —— 完整流程
前段时间，接了老师一个等位基因特异性表达的任务，前后再加上其他的分析带着做，再捋流程，拖拖拉拉也用了小一个月，终于从原始测序数据，得到了最终的那张table，具体的内容基本已...
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ASE （等位基因特异性表达）—— ASEReadCounter在遗传时，父本和母本等位基因的调控和表达不均，这被称为等位基因特异性表达（ASE，allele-specific expression analysis）。表现为基因转录出的...
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Complexheatmap::pheatmap图cell尺寸设置首先放出参考链接： https://jokergoo.github.io/2020/05/11/set-cell-width/height-in-the-heatmap/[h...
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InterPro 注释和结果可视化一、InterPro数据库简介 Interpro是集成了蛋白质家族、结构域和功能位点的非冗余蛋白质特征序列数据库。 Interpro数据库成员包括Coils 、Gene3D、...
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R语言的ggtree展示进化树的一些常用操作ggtree是R语言里对进化树进行可视化展示的一个功能非常强大的R包，ggtree的作者还专门写了一本书对ggtree的用法进行了详细的介绍，相关链接是 https://yu...
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R语言的排序函数(order, sort, rank)及匹配函数（match,%in%)用法详解
一，排序函数 R语言中，和排序相关的常用函数有：order()，sort()，rank()，一般是对向量进行操作，也可以对数据框的列进行操作。1. order(..., de...
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基因家族分析(3) ggplot2绘制基因结构图本节我们继续来进行基因家族数据可视化的第3节教程，通过ggplot2绘制一个富有美感的基因结构图&蛋白保守结构域图，喜欢的小伙伴欢迎关注，多多支持，原文链接：https://...
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使用pfam-scan进行预测一、 安装 使用conda安装Pfam_scan pfam_scan依赖bioperl，因此，通过conda安装简单快捷. 安装hmmer3 , 使用以下命令安装： 数据库下...
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CFVisual绘制Motif+基因结构+结构域+进化树+启动子图的单独或组合图1. 软件简介 CFVisual_V2.1软件是一款借助Python语言的matplotlib库和PySide2库进行生物序列结构绘图的数据可视化软件，主要用于生物信...
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TBtools | 多图合一至强版教程！进化树 + Motifs + 结构域 + 启动子 + 基因结构 + ....放一张效果图，这些，三四年前的东西，我其实一直懒得说。 写在前面 “Gene Structure View (Advanced)”这个功能可以说，也是一时兴起写出来的。开发的...
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基因家族分析（5）：基因家族基因结构可视化本文主要工作：对SBT基因家族的基因结构进行可视化呈现 4.2 基因结构可视化 可视化基因结构，无非就是展示基因区域的组成：3’,5’-UTR，exon或展示CDS，intr...
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【R>>RColorBrewer】神仙函数colorRampPalette首先声明下面整理的内容都来自于网络，并在文末注明了引用的出处，本内容仅用于学习交流，禁止用于商业用途，如有侵权，请联系删除。目前自己常用的调色R包有： ggsci[http:...
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「ggplot2练习」画基因结构图基因结构图从本质上就可以看成方块，直线，箭头的组合 解析GFF文件 bioconductor上有一个GenomicFeatures包，里面有一个makeTxDbFromGFF...
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遗传统计|Tajima D, Watterson θw和π的计算
在描述基因组受选择情况时，通常会采取一些指标来衡量其在演化过程中受到何种自然选择。在这其中Tajima D是常见的衡量物种自然选择的指标。Tajima’s D是由日本研究员田...
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基因家族鉴定流程（二） 用blast、mmseqs、diamond、hmmer搜索同源蛋白本文章将介绍 ①类blast软件blast、mmseqs、diamond、hmmer的比较 ②blast、mmseqs、diamond、hmmer的使用 ③用四种软件的实践操...
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Hyphy，不亚于Paml的选择压力分析的优秀软件，使用指北
近几年来，Hyphy的使用人数越来越来多，虽然不及paml，但这款软件的一些优秀特性使得它值得受到使用和关注。首先相比paml，hyphy有以下几大优点： 操作使用简单。 运...
