统计下图的数据到excel 统计完后，这一代的数据就结束了，开始新的一代的数据处理和统计，请注意，新的一代的数据在每个分支的test1文件夹中继续展开，（test2,3,4,...
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模拟繁殖配对随机配对工作流程
服务器基础操作 1.运行第一步模拟繁殖配对 命令 先利用命令cd .. 回到workspace，然后再cd 01.test，运行第二步的命令 2.运行第二步修改个体编号 3....
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计算d-distance以及Heterozygosity_Ratio的计算
我首先要介绍一下d-distance的计算方法 1.遗传距离规则： 2.VCF文件解析 3.计算公式 n 为总共参与计算的位点数（不包括缺失位点）。D_i 为第 i 个位点的...
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重新进行配对方案的评估（参数计算全部流程-以78只个体的基因组vcf.gz文件和方案制定思路探讨）目标：这篇文章将重新进行配对方案的评估，记录详细的数据处理过程，计算参数包括Het、亲缘系数R、Froh、配对ROH消除概率、遗传负荷、配对实现负荷转换为潜在负荷概率。利用这...
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个体识别、亲子分析、个体溯源将汇报所用到的分析脚本和绘图脚本进行整合 1.个体识别基因组相似度热图 2.个体识别深度降低造成准确度下降箱线图和散点图 3.4 计算位点的平均间距 3.5 比较每个个体之间...
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进行各项指标之间的相关性分析
1.下载数据脚本 2.进行ROH的计算 2.计算het 3.计算load LOF分析 个体之间平均杂合度计算脚本 个体之间亲缘系数计算 个体之间相同位点共同杂合度不同情况统计...
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利用LD连锁不平衡指标计算当前种群有效种群规模根据华南虎的谱系，我得到了每个华南虎个体所属的世代，我将老虎按照各自的世代进行分群，分析随着世代的增加，各项遗传参数的变化 1.计算当前有效种群规模 根据Hill and W...
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开题报告之前下游数据分析全流程将整个数据处理流程进行汇总 1.通过阅读文献，了解到进行LD修剪要谨慎，建议提高ROH检测的严格标准来纠正由LD引起的假阳性ROH 2.比较Fped与不同质控条件下FROH之...
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利用ROH进行配对方案制定初步思路探索头脑风暴
已经有的结论：1.我已经分别计算出了部分个体建立配对后预测ROH相交区域产生后代的基因型并计算预测后代基因型能否进一步生成ROH（即计算了亲代ROH的固定和消除）。因为亲代中...
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更新头脑风暴以后如何分析ROH的保留和固定
思路： 1.拟配对个体ROH片段取交集2.提取出交集的染色体编号和位置坐标3.从总vcf文件中提取出拟配对个体的vcf文件4.根据第2步中的染色体编号和位置坐标提取出每个RO...