写在前面,对于生信新手来说,不熟悉代码的基础,总是空中楼阁一般,想搜一条代码、做一些适合自己数据的运算更是难上加难,踩过的坑总要填,为了新手们不要像我一样浪费时间在这苦恼的代...
写在前面,对于生信新手来说,不熟悉代码的基础,总是空中楼阁一般,想搜一条代码、做一些适合自己数据的运算更是难上加难,踩过的坑总要填,为了新手们不要像我一样浪费时间在这苦恼的代...
关于为何要进行SNP的过滤: 第一,低质量和无信息的SNP会影响后续群体结构或GWAS的分析结果,甚至影响后续对生物学问题的解释;第二,群体研究时,由于测序的个体较多检测出来...
GWAS表型的标准化方法一般有Quantile normalization、Inverse rank normalization、Z-score normalization等...
精确的表型检测是关联分析的关键,GWAS对数量性状和质量性状都适用。 1.各类性状的特点及鉴定与考察建议 2.表型的基本处理 2.1 正态性检验 关联分析属于线性模型,要求...
在做基因富集时,有些通路特别长,以至于使图片的大小不好控制,这种情况可以用stringr包的str_wrap来完成文本自动换行。如使用clusterProfiler的barp...
拖拖拉拉用了一年时间才把GWAS整个流程捋完,从背景到code、还有过程中遇到的一些bug以及解决办法,加起来也有二十余篇,按分析的流程整理出一份清单,也许以后有新的方法或者...
前面已经简单介绍过GWAS的概念,GWAS分析中所用到的文件以及分析流程,我们在GWAS分析结果文件中经常会看到beta值和P值,他们分别代表什么意思?这两个值又有什么关系呢...
方法一 ID转换,ENTREZID是进行GO分析最好的ID类型(针对clusterProfiler)ID转换用到的是bitr()函数,但我的SYMBOL 转 ENTREZID...
接着上次写了plink的第1篇基本格式后,小Q今天开始写第2篇-如何修改plink里的样本信息啦! 第1篇-数据格式:https://www.jianshu.com/p/eb...
移步 github 实现目录跳转,获得更好的阅读体验 目录 基因型填充1.1. 问题描述1.2. 技术来源的基因型缺失1.3. 缺失的判断:缺失率1.4. 基因型缺失的影响1...
这个工具是很经典老牌的工具,是非常可靠也得到了学术界认可的一款软件。工具官网:https://www.hsph.harvard.edu/alkes-price/softwar...
连续纯合片段(runs of homozygosity, ROH)是亲代将同源相同的单倍型传递给子代而形成的,基于ROH计算的基因组近交系数是个体真实的近交系数,它比传统系谱...
1 易混淆的概念 等位基因(alleles)基因型(genotypes)单倍型(Haplotype)二倍型(Diplotype) 基因座位 VS. 等位基因 两者的区别关键:...
学会了基本的plink之后,就要开始学习了解输入文件的格式了。详细的格式建议看官网因为之前以及接触过几次,这里来个详细的归总主要认识 ped map bed fam bim ...
作者:Resther审稿:童蒙编辑:angelica 什么是TWAS 对GWAS(genome-wide association study, 全基因组关联分析)大家应该比较...