在做基因组安全性评估时，通常需要分析基因组中抗性基因，毒力与致病性基因等。对于细菌基因组来说，CARD、resfinder、Arg-annot等常用抗性基因库及VFDB、Pa...
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如何建立真菌毒素数据库DFVF(Database of Known Fungal Virulence Factors) 本地分析方法 -
CRISPR/Cas9脱靶分析1 总体思路 由于CRISPR/Cas9编辑系统的脱靶常表现为在错配位点引入小片段的插入、缺失或碱基替换，即SNP位点与indel。因此使用SNP分析软件，分析编辑菌株相较...
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GMWI2的安装、使用及结果解读
上一篇文章讲到GMWI2 可以通过对肠道中疾病特征微生物进行定量来预测宿主的健康状态，那本文就接着讲一讲 GMWI2的使用方法与结果解读。 1GMWI2 安装 参考 http...
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GMWI2, 通过肠道微生物数据预测身体是否健康的神器一、 GMWI2 简介 目前已有许多研究揭示了肠道微生物与人类复杂慢性疾病之间的相关性。海量的数据如何实现再次利用，能否简单通过肠道微生物数据直接预测人类健康状态呢？ 最近在...
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健康心理应具备的36项能力
最近在看李中莹老师《爱上双人舞》，读到“健康心理”应具备的36项能力，李老师说“当一个人成年时，拥有这36项能力，他将可以在今天的人类社会中成功做到照顾自己、保护家人，而且每...
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如何使用windows系统，实现16S本地blast快速比对研究了几个小时，亲测可行的用windows 系统实现快速16SrRNA 测序本地快速比对的方法： 1 NCBI 官网下载windows 版本地blast （ncbi-blas...
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间歇性努力与持续性迷茫
每看一本书就对世界和历史多了一些了解，看完之后是原来如此，原来中间还有这个啊和我怎么之前不知道呢，多了些感慨。合上书呢，面对的是日复一日的不变生活，领导的“文章专利鼓励大家写...
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我的简单婚礼--样本之一
2024年1月31日，和载入我毕业论文里的男友登记结婚，进入了人生的下一阶段，从此也是有老公的人了呢。朝阳民政局H2006号，10号窗口，整个过程相当简单也十分顺利。 2月1...
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物种-样本关系的circos图经常在基因组或其他组学文章中见到circos图，但是并不知如何解读？以及circos图适用于哪类数据分析结果的展示？这里借助一篇推文，总结一下个人理解。 原文：如何优雅地展示...
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[基因组工具]seqkit的使用
SeqKit的学习 --20191017 软件的介绍 SeqKit是一种跨平台的、极快的，全面的fasta/q处理工具。SeqKit为所有的主流操作系统提供了一种可执行的双元...
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中科院硕博生一枚，用简书来记录自己精读paper和学习生信的过程。
