校正表型 指定固定效应 注意确定固定效应不共线 校正表型
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关于SNP的过滤（1）：如何使用vcftools进行SNP过滤
前言 很多关注我这个专题的朋友都在后台留言，说想了解更多关于SNP过滤的东西。是的，确实这是一个比较重要的问题。第一，过滤到一些低质量的SNP可以防止calling一些假阳性...
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使用微生物组数据和机器学习算法预测猪的生长和胴体性状predicting Growth and Carcass traits in swine Using Microbiome Data and Machine Learnin...
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第五章 微生物组数据功效和样本量计算5.1假设检验和功效分析 ①假设检验：统计学的主要目的是根据样本信息对未知的总体参数进行推断：从观察到的样本数据中得出关于总体的结论。统计推断包括总体参数的估计和关于总体参数...
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GWAS理论 1-4 关联分析模型和常用软件介绍一、Case-Control 关联分析模型 （第一部分主要是在人类中） 二、（动植物）数量性状关联分析模型 加性模型（GAM）当线性模型的种种条件不能满足时，就要考虑用平滑...
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SqueezeMeta使用教程SqueezeMeta是一个全自动的宏基因组数据处理流程，涵盖了组装、分箱、物种注释、功能注释以及各个样品具有的物种和功能丰度信息还有后续可视化等等。以往这些你都需要单独写脚...
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TwoSampleMR：两样本孟德尔随机化孟德尔随机化推断暴露因素与健康结局的因果关系[https://www.jianshu.com/p/8ac31267d3d8] 主要步骤：1. 读取暴露因素GWAS数据选取合适...
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R/qtl 定位分析（二）Data Check
上一部分介绍了数据导入部分，有需要的可以移步： SNPbinner 构建定位群体的基因组 bin 图谱[https://www.jianshu.com/writer#/not...
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PheWAS(全表型组关联分析)----PheWAS的R包测试及分析(二)
由于上次写完教程一后还有许多疑问还没解决，在师兄的建议下看了一下R包中核心函数的源码(到底在做什么回归?)，大概解开了心中的部分疑惑。最近在看很多问题时候，总会有些急躁，反而...
