IGV软件有自带的基因组文件和注释文件，使用自带的还是方便一些。但是，其使用的注释文件和基因组文件可能与我们数据分析时的不一致，这时候我们可视化bigwig文件或者bam文件...
IP属地：海南
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IGV 导入本地基因组及注释文件 -
我要偷偷内卷，然后惊艳所有人！
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名词解释：测序深度&RPKM、FKPM、TPM
测序深度(Sequencing Depth) 相当于测了几遍； 指测序得到的总碱基数（bp）与所测物种基因组大小的比值，其是评价测序量的重要指标之一； 如：测序产生了1000...
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你应该这样输入上下标(origin)
Origin中经常会需要输入上下标，比如坐标轴单位、注释文本框。相信很多童鞋都会直接在图形中输入，这样的后果就是再次作图，又要来一遍，效率非常低。因此，推荐大家统一在工作簿中...
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如何在群辉NAS上搭建网站NAS用了三四年了，只当做一个普通的文件存储工具，今天闲来无事，准备搭建一个网站试试。 开始前的准备 从DSM套件中心下载并安装以下套件： Web Station PHP 确...
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DNA拷贝数计算和文库浓度换算人基因组长度约为30亿碱基对，即：3*109 bp； DNA每bp平均分子量为：660 g/mol； 长度为L bp的DNA分子的分子量M为：L*660 g/mol； -1....
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R 软件包VennDetail 方便提取venndiagram信息VennDetail软件包收录在Bioconductor平台 可以通过 install.packages("BiocManager") BiocManager::instal...
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关于unique mapped reads如下图，是tophat2比对完之后的结果 1、bowtie2XS:i: Alignment score for the best-scoring alignment fou...
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第一代测序—Sanger法测序又称双脱氧法测序陈巍学基因-第一代DNA测序 ABI公司BigDye测序方法的基本原理 ABI公司根据双脱氧法进一步开发出，荧光标记的双脱氧法测序试剂盒即BigDyeTM试剂再结合毛细管电泳...
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R语言-解决problem copying rlang.dll: Permission denied的问题错误场景 在下载某些包 的时候，遇到了Permission denied的问题错误如下：In file.copy(savedcopy, lib, recursive = TR...
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统计 | 结合clusterProfiler理解GO富集分析OrgDb库 enrichGO默认gene type是entrezID，但其他OrgDb支持的类型（ENSEMBLE，SYMBOL等）都可以通过参数keyType指定。 ge...
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「Bioconductor」不要轻易相信AnnotationHub的物种注释包
Bioconductor开发的物种注释包系列集合了一个物种不同来源的注释信息，能够根据基因ID对其进行多种来源的注释，比如说基因的别名，基因的功能等。 我之前也写过一篇文章用...
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水稻GO和KEGG分析首先，一般我们分析水稻的数据时候，选用的是MSU和RAPDB这两个数据库的genome和gtf文件，这里只介绍MSU的ID，RAPDB的同理。 水稻GO分析的网站很多（这里不...
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基于R语言绘制坐标轴截断图画图时经常遇到不同组的数据大小相差很大，大数据就会掩盖小数据的变化规律，这时候可以对Y轴进行截断，从而可以在不同层面（大数据和小数据层面）全面反映数据变化情况，如下图所示。 ...
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6、无重复差异基因分析（edgeR包的使用）1）简介 edgeR作用对象是count文件，rows 代表基因，行代表文库，count代表的是比对到每个基因的reads数目。它主要关注的是差异表达分析，而不是定量基因表达...
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edgeR差异基因分析的一般过程基于转录组测序获得的定量表达值，识别差异表达变化的基因或其它非编码RNA分子，实际上方法还是非常多的。但就目前来看，DESeq2和edgeR是出现频率最高的两种方法了。 DE...
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提取基因长度genelength
# 下载gtf：选择的是ensembl的GRCh38.94.gtf： 下载地址：ftp://ftp.ensembl.org/pub/release-94/gtf/homo_s...
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公众号：TOP生物信息<br>B站：TOP菌<br>WeChat：TOPJUN996<br><br>top2读研，学习方向：癌症基因组、肿瘤免疫、单细胞组学
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第2周：RNA-seq数据分析最佳实践原文来源：Conesa A, Madrigal P, Tarazona S, et al. A survey of best practices for RNA-seq da...
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RNA-seq流程各阶段软件的最优选择RNA-seq如今已经成了最受宠爱的生信分析了，而如今琳琅满目的各种生信软件摆在具有新时代选择困难症的同学们眼前我们又犯难了。我们该选择哪套流程哪种工具进行分析呢？我选的这种...
