@Toomshots 用fastqc检测出来的
遇到了一次colorspace的测序数据目前已经是我接触生物信息学的第四年了，这里的内容由于学业压力也很久没有更新，现在可以趁着寒假的空闲时间写一写最近遇到的东西。我通常处理的都是RNA-seq数据，也全是来自il...
发简信
IP属地：北京
-
-
软件17 —— DiffBind
一、 基本介绍 DiffBind是鉴定两个样本间差异结合位点的一个R包。主要用于peak数据集，包括对peaks的重叠和合并的处理，计算peaks重复间隔的测序reads数...
-
软件16 —— ChIPseeker
一、 基本介绍 ChIPseeker可以用来对ChIP-seq数据进行注释与可视化。 二、 使用方法 (1) 安装并载入R包 (2) bed文件处理 (3) 峰在整个染色...
-
软件15 —— exomePeak2
一、 基本介绍 exomePeak2使用bam文件进行peak calling以及peak统计，它整合了meRIP-seq数据分析的常规分析内容： 使用scanMeripB...
-
软件14 —— IGV一、 基本介绍 IGV（Integrative Genomics Viewer）是一款本地即可使用的基因组浏览器。支持BAM、SAM、GOBY、VCF、PSL、BED、TD...
-
软件13 —— rMATS一、 基本介绍 rMATS是一款对RNA-Seq数据进行差异可变剪切分析的软件。其通过rMATS统计模型对不同样本（有生物学重复的）进行可变剪切事件的表达定量，然后以lik...
-
生信课程笔记7-基因区间和注释资源
Summary 1.Bioconductor注释资源 BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg38 人类的全基因组序列TxDb.Hsapiens.UCSC.hg38...
-
没遇到过这样的问题呢
生信课程笔记7-基因区间和注释资源
Summary 1.Bioconductor注释资源 BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg38 人类的全基因组序列TxDb.Hsapiens.UCSC.hg38...
-
软件11 —— deeptools一、 基本介绍 deeptools是基于Python开发的一套工具，用于处理诸如RNA-seq、ChIP-seq、MNase-seq、ATAC-seq等高通量数据。工具分为...
-
软件10 —— HOMER和bedtools一、 基本介绍 HOMER（Hypergeometric Optimization of Motif EnRichment），用于Motif的发现与查找。homer软件找m...
-
软件9 —— MACS2
一、 基本介绍 ※ 峰识别（peak calling）工具包括：MACS2和HOMER（适用于ChIP-seq和ATAC-seq）、HMMRATAC（针对于ATAC-seq...
-
软件8 —— salmon一、 基本介绍 Salmon是一款新的、极快的转录组计数软件。它与Kallisto和Sailfish类似，可以不通过mapping而获得基因的counts值。Salmon的...
-
软件7 —— bowtie和bowtie2
一、 基本介绍 (1) DNA-seq和RNA-seq 基因组测序（DNA-seq）和转录组测序（mRNA-seq）的区别在于，真核生物的RNA经过剪接后，序列与DNA序列...
-
软件6 —— sambamba和picard
一、 基本介绍 (1) 关于PCR重复的问题 RNA-seq一般不去重复（起始量高，扩增数少；某些RNA表达量很高，导致该基因的reads的比对很可能出现一致的情况） Ch...
-
软件5 —— StringTie一、 基本介绍 StringTie是一个转录组组装定量软件。StringTie利用了最优化算法中研究比较多的网络流算法，并且兼顾从头组装方法，来将这些复杂的数据组装成为转录...
-
软件4 —— hisat2和samtools一、 基本介绍 HISAT2 是一款利用改进的BWT算法进行序列比对的软件。由约翰霍普金斯大学计算生物学中心（CCB at JHU）开发，是TopHat的升级版本，速度提高...
-
软件3 —— Trim Galore和Trimmomatic
一、 基本介绍 Trim Galore是对FastQC和Cutadapt的包装。适用于所有高通量测序，包括RRBS (Reduced Representation Bisu...
-
软件2 —— fastqc和multiqc一、 基本介绍 FastQC是一款基于Java的软件，可以快速多线程地对测序数据（基因组测序、ChIP-Seq、RNA-Seq、BS-Seq等）进行质量评估（Quality...
-
软件1 —— conda
一、 基本介绍 Conda是一个开源的包管理系统和环境管理系统，可在Windows、macOS和Linux上运行。 Conda可快速安装、运行和更新包及其依赖项，可以轻松地...