没有看到GQ，只有GERMQ，这个是GQ嘛？
基因突变检测之Mutect2写在前面的话 今天是2021年1月3号，年底一番瞎忙活，停更了好长一段时间的简书。人生中有个很重要伯乐导师告诉我，在这个事多的工作环境下，没人愿意看你太多的废话。直奔重点才是...
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生信小工具专题：BBTools/BBMap Suite 的使用 (2)
接着上一次内容继续介绍，BBTools、BBMap中的一些实用的小工具。 BBMap Read Merger 合并双末端（PE）reads,在预期中这些reads有重叠的位置...
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想问一下，就是一个qseqid对应多个taxid的这种，应该怎么处理呢？ 应该给它归为哪个物种呢？
宏基因组之物种注释（基于nr库）
昨天下午捣鼓了一下宏基因组物种注释过程(基于nr库)，现在将整个流程记录一下。软件需求：blast，diamond，taxonkit(安装自行百度) 构建细菌子库 blast...
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楼主讨论的这个是不是目标序列是同一条染色体的情况啊，如果目标序列是不同物种的不同序列，而这个指标都一样的情况该怎么办呢？
我是想看自己的序列与哪个物种最相似，来判断有没有目标菌种存在。这种情况怎么办呀？ 请陈老师指教「JCVI」如何筛选得到最优blast比对结果？
JCVI，包含了太多的功能，但是我感觉好像又没有一个特别好的说明文档（小声bb，感谢唐老师的开发的好用工具） blast比对 未过滤的blast比对结果，所使用参数是：-ou...
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你好，请问，如果只想返回最好的一个序列结果，比如query3和query1只保留一条最好的。有没有参数设置啊，还是只能自己写代码筛选。
如果用一致性，覆盖度，比对得分进行排序后，依旧还是有很多序列的排名一样，比如100%匹配，得分都是278. 那么应该再怎么进行筛选呢？ 我是想看我的序列有多少条比对到了某个细菌上。我希望一个序列只有一个物种结果，这样就方便后续统计，这种应该怎么办呀？请洲更老师指教如何让BLAST返回最优的一个搜索结果，看看你没有有进坑
大部分时候，我们都是看着别人的教程，然后尝试处理自己的数据，结果跑完了，如果和预期相符合就不会怀疑这个工具有啥问题。如果你要学习生物信息学，那么有一个信条一定要记住，不要盲目...
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你好，我想请问，我star比对完的bam文件，我想提取没有比对上的序列，但是samtools view -f 4那个命令不行，不知道怎么提取了。samtools flagstat unmapped_reads.bam说我百分百比对上了，但是实际上我这个样本的比对率只有16%，log文件里提示，短序列比对失败的有40%多。
比对软件STAR的使用
在之前的学习和练习里，比对这一步我使用过bowtie2（DNA比对）和hisat2（RNA-seq比对），现在学习另一个很火的软件：STAR。STAR能够发现非典型拼接和嵌合...
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你好呀，之前的推送看不到了，有其他平台的，比如公众号吗？如何筛选感兴趣的GO和KEGG进行绘图~这个推送
KEGG数据库 | 通路结果分类展示
在做完KEGG通路富集之后，纷繁复杂的通路映入眼帘，略微有些杂乱无章，缺乏一个有序的排列，因此，本推送依据KEGG一级类目，将不同的通路归纳总结，分类排列，使结果更加规整，帮...
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您好，想咨询一下，在做交叉验证之前，需要先挑选好较少的特征吗？即最终的模型特征？然后再进行交叉验证？
56-caret包学习：模型训练与调优
1、模型训练与参数优化 在进行建模时，需对模型的参数进行优化，在caret包中其主要函数是train。一旦定义了模型和调优参数值，就应该指定重采样的类型。目前，k折交叉验证重...
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老师您好，我有一个问题，在选到13作为最佳超参数后，是不是需要回到所有训练集中，再使用这个超参数后训练一个分类模型。由于超参数是13，是不是就是意味着保留13个特征对于这个模型的分类效果最好呀。这个时候是不是选择重要性前13个特征作为最终的特征，然后预测测试集呢？因为我不会python，然后这个k邻近模型也不懂，用的是R语言和随机森林的理解方式理解的，不知道有没有理解错误，请老师指正
单一验证、k折交叉验证（特例：留一法（LOOCV））、交叉验证确定最优超参数
一、单一验证 1、单一训练集和测试集 最简单的样本集划分就是只有训练集和测试集，而没有验证集，因此无法利用验证集反过来对模型参数进行调整。只能先给定一组超参数C，然后训练得到...
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一文看懂 AI 训练集、验证集、测试集（附：分割方法+交叉验证）
数据在人工智能技术里是非常重要的！本篇文章将详细给大家介绍3种数据集：训练集、验证集、测试集。同时还会介绍如何更合理的讲数据划分为3种数据集。最后给大家介绍一种充分利用有限数...
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你有过“自我厌恶”吗？
今天在看硕士与博士的区别时看到下面一段话： 对博士而言，最大的挑战其实是克服自我厌恶，然而在读硕士时很少会有这种情绪的体现。太多焦虑的博士，并非没有学术能力，而是无法克服这种...
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您好，请问一下，您下载mixcr的时候，使用的时候，它有要许可证吗？我这边下载了3的版本和4的版本都需要有许可证，不知道怎么回事
mixcr3.0 软件使用
MiXCR是一个通用的框架，处理从原始测序数据到定量clonotype的免疫组数据。 支持PE和SE的reads，考虑测序质量，纠正PCR错误，还能识别生殖系高突变。 支持部...
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10X单细胞（10X空间转录组）数据分析之细胞过滤那些事hello，大家好，今天已经是五一假期的第二天，本人呢，哪也去不了，只好在家歇着，所以呢，给自己找点事做，本人93年，单身，现居天津武清，女孩子有没有想谈恋爱了，可以联系我，...
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太棒啦！感谢您的分享，刚好用得到。不过，请问数据多的时候怎么批量下载呢？fsatq文件链接有什么规律吗？数据太多了，一个个点好麻烦😭
DDBJ数据库：宏转录组测序数据下载
导读 1. DDBJ数据库简介 DDBJ(DNA Data Bank of Japan)是与NCBI的GenBank，EMBL的EBI数据库齐名的世界三大DNA 数据库之一。...
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@lele要发paper 您好，我后来也没解决，后来没用GSA的数据了。现在已经不做单细胞了
从中国核酸数据库GSA下载单细胞数据
第一次使用GSA大约是2018年，那一次是往该数据库上传数据。 单细胞数据呈指数增长，对一个实验室也好，对一家科研单位也好，对一个国家也好，数据的管理显得日益重要。数据管理在...
