你好，请问一下，这个bedgraph文件第二列和第三列是起始位置和终止位置吗？ 哪个代表C，哪个代表G呢？
以及这个bedgraph是0-based还是1-based呀？如果是0-based的，是不是说chr1 10496 10497 94 16 1中：
chr1：10497是C甲基化位点呢？
其次，我有点疑问的地方是：
chr1 10524 10525 88 15 2
chr1 10525 10526 86 13 2
这里第一行的chr1:10524 -10525如果代表10525处是一个C碱基，
那么第二行的chr1:10525-10526也代表10526处是一个C碱基，加上C后面会跟一个G，那么从10525-10527不就变成了CCG了吗？ 是可以这样理解吗？这样还满足第一行的CG结构吗？
还是说这里不区分正负链，chr1:10524 -10525-10526是正链xCGx，然后chr1:10524-10525 -10526-10527是负链xGCx
这样在做callDML的时候，pos:10525需要考虑正负链吗？ 即把
chr1 10524 10525 88 15 2
chr1 10525 10526 86 13 2
这两行的beta信息考虑进去当成一个位点呢，但是我看up主你的代码pos = T1[,3]，只考虑了后面这列，所以是不是当成10525和10526两个位点进行计算了？
这里我感到有些疑惑，困扰了好久了，请up主指教
R语言 -- 寻找差异甲基化区域（DMR）-- DSS 包最好的文档其实还是官方文档。。。http://bioconductor.org/packages/release/bioc/vignettes/DSS/inst/doc/DS...
