一、原理 Gene Ontology（GO）是一个国际标准化的基因功能分类体系，提供了一套动态更新的标准词汇表，用于全面描述生物体中基因和基因产物的属性。 1）GO包含三个主...
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测序数据的深度、覆盖度等计算Coverage Depth 覆盖深度 mapping depth 基因组被测序片段（短读 short reads）“覆盖”的强度有多大？ 每一碱基的覆盖率是基因组碱基被测序...
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泛基因组(Pan-genome)研究思路与应用—作物篇随着基因组测序技术的不断发展，越来越多的物种已完成全基因组密码的破译，在基因组信息全面解析的基础上，对于某物种的功能基因定位，驯化等相关深入研究具有重要意义。然而在漫长的物种...
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De novo组装#08 | 基因组组装评估写在前面 基因组组装完成后，我们需要对我们组装好的基因组进行一个质量评估，质量评估主要从连续性（continuity），完整性（completeness），准确性（ accu...
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群体中的Fst值-学习篇这里有一份群体的学习课程，这篇推送主要基于这个作为参考，群体课程[http://www.uwyo.edu/dbmcd/popecol/index.html]Fst值[http...
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VCFtools的使用(参数说明)
写在前面：当学习某一重要文件格式时，更需要对此格式对应软件工具进行全面的学习（如sam/bam——samtools）。在多次花时间写脚本处理文件之后发现，80%左右的任务其实...
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ABBA-BABA遗传渗入分析（Dsuite软件）ABBA-BABA分析方法最早发布于2012年NATURE的文章：Butterfly genome reveals promiscuous exchange of mimic...
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Hi-C技术的初步了解最近的一次组会上看到实验室的同学汇报的结果里有Hi-C的图，所以我就悄咪咪的去了解了一下Hi-C技术的原理。整理一下。 Q1: Hi-C的全称是什么？ A: 高通量染色体构象...
