第一步:下载二进制安装包 第二步: 第三步上传数据: 第四步下载数据:
第一步:下载二进制安装包 第二步: 第三步上传数据: 第四步下载数据:
第一步:安装 第二步:挂载目录并使用测试数据 注意:需要提前下载好interproscan和pfam数据库。需要预测抗性基因的蛋白文件存放到个人目录/40t_2/docker...
ggpmisc安装 寻找峰值:输入文件: R脚本: 结果:
输入文件(包含测序材料号的文件,测序材料后缀需要是_1.fq.ft.gz,_2.fq.ft.gz ) 使用的perl脚本如下: 输出结果(材料对应的左端和右端reads长度):
1. 用于展示大白菜和其他群体相似度、 输入文件:nearest.bins.lst.matrix 输入文件:sorted.groups.lst.added 结果图:
1. 提取某份材料的vcf文件 2. 提取部分材料的vcf文件 3. 按照染色体提取VCF 4. 按照染色体指定区域的vcf
目的:使用ggplot2绘制二维点图。输入文件格式: 脚本如下: 结果图:
使用ggplot2绘制折线图输入文件格式: 绘图脚本
目的:计算密度曲线对应的峰值并作图。
介绍:利用ggplot2绘制barplot脚本:barplot.r 输入文件(Count.of.group.combinations.lst)格式: 结果图
介绍:利用ggplot2做dotplot选择信号展示 脚本为: plot_singles_Zscore.r 文件格式: 结果图:
介绍:使用ggplot2绘制Pai的boxplot图 文件格式(Pai.values.lst): 结果图展示:
使用gt ltrharvest计算基因组中的LTR 使用LTR_FINDER计算基因组中的LTR
第一步:建库 第二步:注释
先配置Windows系统主机的共享文件夹 控制面板 程序和功能 启动或关闭window功能 打开 SMB 1.0/CIFS 服务和客户端 Linux中操作如下:sudo ...
永久关闭防火墙 重启防火墙
目的:使用wget下载链接中的所有文件
介绍:使用基因区域的SNP,绘制不同群体中基因的haplotypes 输入文件格式: 脚本:plot_haplotypes.pl 结果图展示
目的:使用R进行T检验分析。 文件格式(Pai.for.tTest):
介绍:perl子程序: 调用R中fisher检验