功能基因定位的方法：QTL定位（包括GWAS）和群体遗传（选择压力分析） 广义的QTL包括连锁分析和关联分析。 首先介绍连锁分析： 1、连锁分析的基本原理： 连锁分析，之所...
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2020-09-28 -
基于Vegan的曼特尔检验（Mantel test）计算及若干讨论
问题描述 使用曼特尔检验（mantel test）来实现微生物组高维数据相关性分析 实现方法 R语言Vegan软件包 实例操作 这里选择宏基因组数据进行分析，包括两个类群的物...
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IGV-GSAman | 多少人梦寐以求的tools?写在前面 Emmm，估摸着也有一个来星期没更新。TBtools？也没怎么更新。总的来说，就一个情况：太忙，没时间。但是想来想去，国庆长假还是要做一点平时想做，却又没时间做的事...
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gvcf文件与vcf文件一、解释一 这里注意HaplotypeCaller只能处理单样本文件，当有多样本时，官方建议使用HaplotypeCaller对单bam文件分别进行变异检测，生成GVCF文件...
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使用htseq-count进行定量分析和featurecounts一样，htseq-count也是一款进行raw count定量的软件。该软件采用python语言进行开发，集成在HTseq这个包中。 对于pyth...
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R 数据可视化 —— 集合可视化 UpSetR前言 上一节，我们介绍了如何绘制韦恩图来显示集合间的交叠关系 但是，随着集合的增多，韦恩图显示的关系会越来越复杂，很难一眼看出其中的信息。 今天，我们要介绍的是，当集合数目较...
