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gget的功能跟之前介绍的fastq-dl不一样，fastq-dl主要是下载测序的原始数据的，而gget的功能就非常丰富了： 从ensembl下载参考基因组， 获取指定基因的...

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萌哥碎碎念 一直以来都想写一下下载数据的这些命令和工具，现在刚好收集了一些，可以写一整个专题。先分别写，也许之后还能出一个横评。目前规划的软件有： fastq-dl gget...

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工具 使用到的工具是： datasets jq datasets是NCBI官方的工具，可以直接调用NCBI的API进行信息的查询，返回的结果是json格式。现在还在活跃开发中...

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@球果假水晶蓝 并没有 但是想要往这个方向发展

机器学习/深度学习与基因组学资源搜罗

作为一个genomics方向的研究者，在AI的浪潮中总是避免不了焦虑。担心被时代抛弃。 在以前，不识字的我们称之为文盲；再后来，英语不好是地球村的文盲；接着到了信息时代，不会...

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作为一个十级互联网冲浪选手，当看到吴恩达老师出新课的时候就已经无脑冲了。 传送门：https://learn.deeplearning.ai/courses/ai-pytho...

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作为一个genomics方向的研究者，在AI的浪潮中总是避免不了焦虑。担心被时代抛弃。 在以前，不识字的我们称之为文盲；再后来，英语不好是地球村的文盲；接着到了信息时代，不会...

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省流版 前提条件： 有root权限 不涉及分区的删除增加重新分区 不需要重启或者关机 不需要到服务器面前才能操作，远程也可以完成 step 1： 运行一下df -h知道一下自...

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太长不看版 只需要使用BiocManager::install()就可以把CRAN、bioconductor、GitHub来源的包都安装上了。 R包安装的天下三分 安装R包是...

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背景介绍 组学数据越来越大，数据传输已经成了一个组学合作研究中的重要限制因素。百度云盘是数据存储和传输的重要工具，bypy是一个为了解决数据操作的工具。 它可以通过命令行上传...

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要读的文章太多了。实在是没时间把所有的感兴趣的文章都精读一遍。那就借助GPT快速总结一下文章的内容。 文章标题：Sequence basis of transcription...

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我最近在用YGAP (Yeast Genome Annotation Pipeline) 做yeast基因组的注释。 YGAP生成的注释结果默认是bed格式不是gff格式，并...

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背景介绍 最近我需要通过FTP站点下载合作者提供的测序数据，因此研究了一下怎么快速地从FTP站点下载文件。 测试的工具主要是ftp和lftp 什么是FTP？ FTP，全称为“...

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背景介绍 这篇应该是10x genomics数据辅助基因组组装的最后一篇，tigmint也是这些软件之中效果最好的一个，属于压箱底的好工具。并且这个软件是个活着的软件，相比于...

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背景介绍 目前就我所知的能用于10x scaffolding的软件主要有这几个： scaff10x fragscaff tigmint+ARCS/ARKS LINKS ARB...

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背景介绍 在得到初步的组装结果之后，如果手上有10x genomics的基因组测序数据的话，除了可以用supernova基于10x数据独立组装出一个新版本的基因组外(详见我的...

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背景介绍 mecat2可以说是比较早的一批可以用于三代测序平台的基因组组装软件了，2017年刚上硕士的时候就有接触到过。当然还有WTDBG2也是差不多同时期的软件。 软件安装...

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背景介绍 verkko是一个最新的可以应用于二倍体基因组T2T（telomere-to-telomere）级别的基因组组装的组装软件。 2022年9月14号李恒在主题为Pac...