共病遗传（或称异病同根），我们对疾病的认识从回溯至遗传学根源的那一刻起就已经进入了另一个新的里程。 今天我想分享一篇今年9月24日发表于 《Nature communicat...
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共病遗传的研究方法：关于多发性硬化症和炎症性肠炎遗传共病研究的例子 -
表达数量性状位点（eQTL）的概念及其相关分析
表达数量性状位点（expression quantitative trait locus, eQTL）是一类能够影响基因表达量的遗传位点（大部分都是单核苷酸多态性，SNP），...
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2020-05-04 eigenMT
eigenMT：解释变异间连锁不平衡的eQTL研究的有效多重检验调整 简介 特征最小二乘法是顺式eQTL研究中一种计算效率较高的多重检验校正方法。通常，现代顺式eQTL研究可...
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使用OSCA进行eQTL分析Nathan写于20200807。OSCA（OmicS-data-based Complex trait Analysis）是杨老师2019年发表的用于分析多组学数据复杂性状...
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单细胞转录组测序中的降维和聚类前言 在以往常规转录组测序中，由于实验生物学重复，同组内测序得到的数据是接近的，通过简单的线性降维PCA主成分分析法，即可得到想要的可视化结果（组内样本聚集，组间样本分离）。...
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文献2——scGraph：一种基于图神经网络的自动识别细胞类型的方法scGraph: a graph neural network-based approach toautomatically identify cell types http...
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清明节后第一天从画一张图开始今天我们的任务就是复现一张图，如下： 来吧，这个图的复现不见得简单，不信大家可以尝试一下： 首先来学习一下ggrepel包 用法是geom_text(label)_repel...
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单细胞之轨迹分析-2：monocle2 原理解读+实操轨迹分析系列： 单细胞之轨迹分析-1：RNA velocity[https://www.jianshu.com/p/ee0f7a8e6a06] 拟时间序列分析（Pseudot...
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单细胞文献6-COVID-19患者的免疫反应的单细胞景观Single-cell landscape of immunological responses in patients with COVID-19 影响因子： 20.479...
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单细胞文献12- 持续感染 SARS-CoV-2 的 COVID-19 患者的临床和分子特征Clinical and molecular characteristics of COVID-19 patients with persistent SARS-CoV-2 ...
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R数据可视化20:弦图终于超过1k粉丝啦～之前说要小小庆祝一下，害怕直接放文章里会被封文章，所以福利大家可以见评论。前几周忙着答辩毕业事宜没有时间更新，虽然这几天也挺忙哈哈哈哈，不过还是要定期更新...
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R-ggplot2-箱图系列（2） 注释P值与组间比较R-ggplot2-箱图系列（1） basic - 简书 (jianshu.com)[https://www.jianshu.com/p/bafbd08b28ef]R-ggp...
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R数据可视化21:Edge Bundling图N久没有更新了，最近一段时间有点繁忙。今天，一起来学习一下一个和Circo图差不多的图：Edge Bunding图（不知道中文咋翻译）。其实在我看来都只是不同形式的网络图。 ...
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统计学习方法5.2 - 5.5 笔记5.2 决策树 -- 条件概率分布 如果有10个条件概率分布，对应特征空间的10个划分，相当于构建了10棵决策树。特征空间由特征向量组成，特征向量表示输入的每一个实例。一般认...
