说在前面： 早在 2009 年，韩斌团队（第一作者是黄学辉）就在 Genome Res 上发了一篇文章 High-throughput genotyping by whole...
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SNPbinner 构建定位群体的基因组 bin 图谱 -
fSGAT批量候选基因关联分析丨快速单基因关联分析
候选基因如何分析？ 通常情况下关联分析会得到一大堆候选基因，总不可能每个都有用，因此需要对候选基因进行深一步分析，本篇笔记分享一下群体遗传学研究中GWAS候选位点与候选基因的...
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总结丨SGAT单基因关联分析工具，一文上手使用
SGAT是一个免费开源的单基因分析工具，基于Linux系统实现自动化批量处理，能够快速准确的完成单基因和表型的关联分析，只需要输入基因型和表型原始数据，即可计算出显著关联的S...
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GenomeSyn基因组共线性及结构变异可视化工具三代Pacbio和Nanopore测序技术的快速发展推动了比较基因组学领域的进步，泛基因组构建和结构变异识别成为该领域研究前沿。其中，共线性分析是比较基因组学的重要组成部分，...
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结构变异SV的鉴定--smartie-sv与bayestyper
最近一直在折腾结构变异SV的鉴定，SV的鉴定软件虽然很多，但是在最近的两篇基因组文章里面，主要用的是smartie-sv和bayesTyper，其中smartie-sv主要用...
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RNA-seq入门实战（六）：GO、KEGG富集分析与enrichplot超全可视化攻略本节概览：1.获取DEG结果的上下调差异基因2.bitr()函数转化基因名为entrez ID3.利用clusterProfiler进行KEGG与GO富集4.用enrichp...
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GWAS分析-多个性状的manhattan组合图绘制(五)在之前GWAS分析中，我们已经学会了如何使用R包qqman对单个性状绘制manhattan图，有时会需要将多个性状的manhattan图组合到一张图中分析，今天就带小伙伴学习...
