一、概念 连锁不平衡是指,在某一群体中，分属两个或两个以上基因座的等位基因同时出现在一条染色体上的几率，高于随机出现的频率。连锁不平衡是等位基因或者遗传标记在一个种群中表现出...
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基础知识——连锁不平衡 Linkage disequilibrium (LD) -
可以从fasta中提取基因序列的4款软件
前言 做生分析有时候需要从基因组fasta文件中提取基因的序列，对于这个需求有不少现成的软件可以来实现，今天来跟大家分享4款可以完成这个需求的软件，废话不多说了，直接来看...
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基因组数据上传NCBI
1、创建 BioProject 号和 BioSample 号 对某一个物种进行了基因组测序，则申请 BioProject 和 BioSample 号各一个。 2、使用 tbl...
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秘籍 | 惊了，使用aspera下载SRA数据速度高达 291Mb/s
2024年5月20日更新：目前大家可以参考这篇👇，更加方便：生信 | 超便捷！iSeq同时支持快速下载GSA/SRA/ENA的数据[https://www.jianshu.c...
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NCBI组学数据上传流程论文发表之前我们常常会有递交测序数据到NCBI的需求，这些数据例如：基因组，转录组，ChIP-seq，ATAC-seq，基因组注释文件，三代测序原始数据等都有不同的NCBI子...
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生信log18|一个上传基因组到NCBI的图文详细教程开篇废话一下：> 这篇日志分享的实际上是我总结了NCBI基因组上传流程并分享给组内同学参考的PPT教程，当然我们PPT上面还有16S rRNA基因的上传教程，因为是师兄做的，...
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NCBI数据库Fastq原始序列上传和登录号获取最近文章要求原始数据上传NCBI数据库，小白摸索了一路总算有了点认识哈哈~写下来当做笔记。 1.账号 首先我们要登录NCBI网站，见图1右上角，如果有账号直接登陆就好。没有的...
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如何上传测序数据至NCBI？文章发表一般要求将测序数据上传至NCBI的SRA（Sequence Read Archive）数据库。上传到NCBI 的数据可归纳为两大类：测序原始数据和分析数据。原始数据（...
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Ubuntu下Aspera connect的安装与使用
本文来源 http://www.chenlianfu.com/?p=2319，稍有更改。Aspera connect是高效传输软件，可在 http://downloads.a...
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在NCBI建立BioProject及数据上传1、创建自己的NCBI账号 过程，略 2、创建BioProject 1、进入BioProject 2、选择Submission 3、创建new Submission 4、随后...
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Aspera下载安装使用Aspera Linux 安装 conda 安装 在Linux上安装Aspera，方便的还是直接通过conda进行安装(已经安装了Anaconda），在需要安装的环境下输入以...
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通过Linux命令行使用Aspera全速上传测序数据到NCBI数据库每试错一次，就离本质就更近一步。----小蓝哥 为什么要上传数据 师姐找我帮忙上传宏基因组数据到NCBI，大概是45G。NCBI提供了很多种可供选择的上传方式： 没有海外节点...
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使用qqman包绘制曼哈顿图和QQ图安装并加载所需R包 基本数据格式：SNP名称，所在染色体，SNP位置，Pvalue值 绘制曼哈顿图 基本使用 常用参数 默认绘图 绘制QQ图 默认绘图
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R语言ggplot2包画曼哈顿图的一个简单小例子曼哈顿图是GWAS数据分析中经常会用到的一个图，R语言里有专门的包和函数直接生成曼哈顿图。但是如果有数据的话我们自己也可以用ggplot2来做。 做曼哈顿图的数据通常是以下这...
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【R画图学习13.3】散点图---曼哈顿图曼哈顿图，我自己最常用于的场景就是GWAS分析之后，常使用它展示基因组中与某种表型显著相关的SNP位点或基因型信息。一般横轴是代表染色体，纵轴则表示SNP位点与表型关联的显著...
