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生物节律之metacycle和cosinor分析（1）1.JTK 使用metacycle包进行JTK的分析，其实metacycle包中可选的分析方法有ARSER(Yang, 2010)，JTK_CYCLE( Hughes, 20...
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生物节律之biocycle和cosinor分析--网页版（3）前面介绍了好几个R包，有做振荡检测的Metacycle包，对周期限制的比较松，也有做cosinor分析的，限定周期为24小时。下面解释几个网页版的工具1.BIO_CYCLE ...
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生物节律之振荡节律检测（4）前面我们主要介绍的都是做cosinor分析的，下面介绍几个只是用来检测振荡是否显著的R包，毕竟多掌握点使用工具总是好的 1.Rain::rain rain()使用非参数方法检...
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生物节律之cosinor分析（2）cosinor分析之前已经介绍过两个了（cosinor，cosinor2），其实R中还有三个包可以进行cosinor分析（card::cosinor，season::cosi...
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生物节律之cosinor分析——终极R包circacompare（5）前面我们已经介绍了cosinor差异分析最常用的两个包：cosinor和cosinor2包，这两个包其实已经做得非常好了，就是还有一点点缺陷，下面一起来看看它们的缺陷： 1....
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2019龙星计划笔记-Linux的基础知识Linux与生活中常用的Windows系统有着本质的区别；下面看一下百度百科对Linux的定义。 Linux是一套免费使用和自由传播的类Unix操作系统，是一个基于POSIX...
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GOplot 可视化基因富集分析结果GOplot 包通过封装好的函数可视化基因功能分析结果。 #1. 安装 #2. GOplot 内置数据 ##2.1 脑和心脏内皮细胞的转录组数据 来自文章Nolan et a...
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Anaconda 介绍、安装和使用指南(详细版本)1. Anaconda 与 Conda 是什么？ 1.1 什么是 Anaconda Anaconda 是一个用于python/R科学计算和机器学习的开源工具(也称为Pytho...
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Anaconda 介绍、安装和使用指南(详细版本)
1. Anaconda 与 Conda 是什么？ 1.1 什么是 Anaconda Anaconda 是一个用于python/R科学计算和机器学习的开源工具(也称为Pytho...
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【r<-ggplot2】条形图与线图问题 你想要创建基本的条形图与线图 方案 想要使用ggplot2绘制图形，数据必须是一个数据框，而且必须是长格式。 基本图形，离散x-axis 使用条形图，条形的高度通常代表...
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ggplot2：如何优雅地绘制箱线图数据可视化是将数据直观展示出来的一个必不可少的步骤。ggplot2是一个非常常见的绘图R包，在文献中，我们常常会看见用漂亮箱线图来展示原始数据的分布。这里我们就用一个基因表达...
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R使用笔记: ggplot2本笔记内容：最近工作中遇到的分析需求：按照要求的分组画boxplot和PcoA的散点图。对画各种图的实现方法，一些具体问题的解决方法等。Long data和wide data...
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「学转录组入门生信」第一周从环境配置开始
我们第一周目标有三个: 熟悉Linux环境登录服务器Linux基本命令PATH的意义 学习conda管理环境如何在conda中添加channel如何用conda安装和卸载软件...
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个人博客: xuzhougeng.top (随缘访问)
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第1篇：ATAC-seq的背景介绍以及与ChIP-Seq的异同ATAC-Seq简介 ATAC-seq（Assay for Transposase-Accessible Chromatin with high throughput seq...
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用于研究昼夜节律的统计学方法（一）时间生物学研究的复杂性在于，除了遗传学背景、环境因素以及干预方式的变异，还需要考虑上时间这个维度。因此，通过标准的统计学手段，机械地整合不同背景下的数据，很难对广泛存在的昼夜...
