{gtsummary}使用tbl_summary()汇总数据 并排回归模型 您还可以使用tbl_merge()呈现并排回归模型结果 library(survival)#>Wa...
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还是沿用之前的数据,我们继续探讨table1的制表功能。这里主要展示个性化制表,变化不同形式的表,以及最为重要的显著性检验P值。 table1可内置多个三线表的形式,指定to...
临床模型的构建所需的第一个表就是基线表,基线表的制作有很多种方法,今天试试R。制作三线表所需的包table1,安装完毕后使用使用boot包中的自带数据 可以发现数据集中sta...
欢迎大家关注我的公众号:一只勤奋的科研喵[http://mp.weixin.qq.com/mp/homepage?__biz=Mzg2MjU2NDQwMg==&hid=2&s...
1. clusterProfiler包,bitr()转换ID函数 clusterProfiler 是Y叔写的一个功能强大的R包,可以用来做各种富集分析,如GO、KEGG、DO...
下载数据 TCGA官网下载TCGA-COAD projiect的HTSeq-counts 和clinical的manifest文件。然后在电脑终端用gdc-client下载数...
本文写于观看生信技能树公众号(vx: biotrainee)的七步走纯R代码通过数据挖掘复现一篇实验文章(第1到6步)[https://mp.weixin.qq.com/s/...
获取表达矩阵,处理TCGA的count数据,1表示为行。 导入数据 加 ENTREZID列,用于富集分析(symbol转entrezid,然后inner_join) 转化空格...
TCGA workfolw RMD格式 R包安装 数据下载 文件类型介绍 manifest xml counts 本文的内容是用GDC下载并整理表达矩阵和临床信息数据。 1....
测序上游分析系列: mRNA-seq转录组二代测序从raw reads到表达矩阵:上中游分析pipelinemiRNA-seq小RNA高通量测序pipeline:从raw r...
本文为TCGA数据的下载,并整理为行名为基因名的数据结构 方法一 方法二 乳腺癌PAM50 另一种方法,生存分析 我觉得这确实目前最好的方法,同时这个是官方下载并实时更新的数...
前面几期已经完成了从TCGA表达谱/临床数据下载处理整合,本次对样本中的有annotations.txt的进行分析处理 在之前下载的表达文件中,可能已经有人注意到有些样本文件...
细胞自噬的历史与展望 转自 细胞自噬公众号 | 作者:刘晗 | 戚昀 | 林鑫华 自噬研究的历史 自噬autophagy一词源自希腊语,在1963年由比利时生物化学家德迪夫(...